大法官針對黨產條例做出第七九三號解釋，認為：黨產條例規範政黨財產之轉移及禁止事項不涉及違憲，亦未剝奪政黨賴以存續、運作之財產。這項解釋文引起軒然大波，由於黨產條例的訂定本身就充滿了政治清算的意味，加上溯及既往的條文，明顯是有針對性的法案。

解釋理由書指出，台灣在二戰結束後形成黨國體制，而行憲後總統又兼任國民黨主席，致使國民黨長期主導國家權力。這段說明雖然是陳述事實，但明顯的是意識形態說詞。過往的歷史有其時空背景，政府於民國三十八年遷台，國民黨建設台灣有其不可抹滅的貢獻，黨國體制下固然造成類似二二八事件或白色恐怖等危害人權的事實，但是在過去二十年經過朝野的激辯與努力，對於不公不義之事都已立法補償或恢復當事人名譽。

對於過往的歷史已經做消極的補償，如果積極處置就會形成類似黨產條例的清算舉措，救國團和婦聯會等都已經轉型為人民團體，還需要清算它的財產，整套邏輯都是民進黨的思維，大法官難道也黨派化了嗎？再說，民進黨現在執政不也是總統兼任黨主席嗎？豈非也是黨國體制。難道它的所有施政也都是黨國體制下的作為，以後的人都可以據此加以清算鬥爭？

大法官接著為立法院訂定黨產條例的理由補強，認為非常時期違反民主憲政秩序及侵害基本權利的不法或不當過往，於民主轉型後有匡正的必要。這段話其實也和民進黨陳述轉型正義一個口徑。針對「法律不溯既往」的質疑，大法官認為如果是為了追求重大公共利益，這是憲法所允許的且沒有信賴保護問題。

這次的釋憲案因為政治性極強，且黨產條例幾乎就是針對國民黨而來。但仍有幾位大法官提出不同意見書，認為本號解釋有「理由不備、價值失衡」之嫌，尤其對從前的附隨組織與現在的附隨組織等同視之，這部分的回溯，「根本不具憲法上重大公共利益」。說明了法律並沒有溯及既往的前例，更何況清算國民黨黨產不涉及憲法上所謂的追求重大公共利益。

大法官解釋文認為，黨產條例僅處理不當取得財產利益，並未限制或剝奪政黨之存續，認定黨產條例並未違反憲法保留。在政黨的實際運作上，沒有經費根本就無法生存，現在的小黨無力發展大都是受限於經費，民進黨之所以要清算國民黨的黨產，讓國民黨無以為繼，這對於台灣的政黨政治和民主的發展都有絕大的妨害。

自蔡總統上台後，就極力變更大法官的結構，在提名大法官人選時充分的以黨派做考量，目前大法官的結構明顯的偏向民進黨的意識形態，尤其是司法院長許宗力曾經是「兩岸為特殊國與國」的首倡者。台灣政治生態的藍綠結構無疑的已經全面淹沒了司法界，司法的公正超然難有期待，大法官的七九三號解釋已經展露了跡象，也可以說是一個分水嶺。過去所有的法律爭議案件，只要大法官做出解釋，一切爭論都戢止，可謂一言九鼎。現在七九三解釋文出來卻言人人殊，司法公正獨立性的傾圮，不只蔡總統要警惕，全民都要警惕。