根據媒體報導，全民健保的安全準備早已低於法定的「一個月的醫療費用支出」底線，依據健保法規定，必須調漲保費，但政府擔心不久前才調漲保費，在物價上漲聲中又要再次調高保費，恐怕引起民眾的反彈，因此雖然財務已經瀕臨險境，仍然不敢調漲，只好拖一天算一天。

另一方面，行政院衛生署雖已完成「二代健保」草案，未來將改採家戶的總所得作為收取保費的基準，乘以一定費率，計算保費。初步預計，費率上限為百分之二點五。但由於「二代健保」草案仍須經過立法，在時間上來不及，因此衛生署目前正為這段期間如何度過健保財務危機而傷腦筋，甚至一度打算動用「擴大公共建設特別條例」（五年五千億元）的資金，卻因為不符合「公共建設」之定義，而且還特別編列二百億元作為彌補醫界因「總額支付制度」而遭受的衝擊，結果引起爭議，遭到經建會擱置。

其實，衛生署面臨當前健保財務困境的最好對策，還是回歸到總額支付制度。因為健保這幾年來財務出現入不敷出的情形，而且保費收入的成長率一直低於支出的成長率，政府如果不敢調漲保費，就應該直接控制醫療費用的成長，而控制醫療費用支出成長的最好手段，就是總額支付制度。

事實上，自從所有醫療體系都納入總額支付制度後，醫療費用的成長都如事前預期，也就是仍然落在當初審定的成長率範圍內，即可見總額支付制度確實已發揮抑制費用成長的綜效。因此，在收入面無法進一步開源，加上政治因素的壓力下，總額支付制度不但要繼續維持，而且應該將醫療費用的平均成長率降低到接近於保費成長率的水準，即無太大的財務問題，也就不需要二代健保草案，改成按照家戶總所得來收費的過大變革。

可是，醫界在總額支付制度下，紛紛「衝量」，希望透過多看病人，多拿到健保局的支付，結果造成看診數量增加（成本也增加），但收入卻匡限於當初協議的成長範圍內，於是醫界乃以此造成虧損為由，要求取消總額支付制度。其實這是一種倒果為因的說法，總額支付制度本身並沒有錯，而是醫界應展開內部協調，自我約束「不要衝量」，也就不會發生目前此種彼此傷害的結果。更何況，最近傳出醫界詐領醫療經費的醜聞，顯示醫界也有自律自清的必要。

更進一步言，二代健保未來改成以家戶總所得為計算保費的基準，如果總額支付制度取消或是維持很高的成長率，則表示當前入不敷出的問題仍將持續，則必然表示未來的平均保費，一定要比現在高，才能解決財務問題。因此，大多數的受薪階級很擔心，二代健保極可能變成最低稅負制後的第三套所得稅制，而且因為許多資本所得，例如證券、期貨、土地交易所得免課（也免申報）所得稅，政府又提供許多資本利得的減免措施，到頭來極可能變成薪資所得者再繳納更高的保費，對於目前承擔七成個人所得稅的受薪階級而言，無異是加重負擔。

因此，在政府不能做出「二代健保不會變成第三套所得稅制，也不會加重薪資所得者負擔」之前，還是在總額支付制度內做些修正改進為宜。