隨著歷史的流轉，他有極端的兩面評價。
在中國大陸，林毅夫是「高級智囊」、具影響力的經濟學家之一。談到大陸未來經濟發展，大陸媒體一定要請教曾任世界銀行高級副行長的林毅夫的看法。日前他受邀出席紫金山峰會，預估「大陸經濟至少還能維持二十年百分之八以上的經濟增長」，在大陸今年將經濟增長率定為百分之七點五，八年來首度不「保八」，今年第二季經濟增長更直接跌破百分之八到百分之七點六，樂觀的預測為籠罩陰影的大陸經濟，增添信心。
林毅夫看好大陸經濟的理由在於，大陸還有很多有利因素，只是中等發展經濟體，產業升級的空間非常大，大城市的基礎設施有待改善，例如城市化、環境、社會保障功能，這些項目是投資回報非常高的項目，「大陸政府財政狀況從全世界來看是非常好的，宏觀調控政策提供了有利投資環境。」他說。
經濟專業受人景仰
關於大陸經濟發展的論點，他全寫進了《新結構經濟學》一書，書尚未出版，剛剛從世界銀行卸任的林毅夫就以一場「新結構經濟學」學術研討會回國公開亮相。從二○○八年被任命為世界銀行首席經濟學家兼負責發展經濟學的高級副行長，到二○一二年任期屆滿，四年期間恰逢國際金融危機爆發。林毅夫說，這場全球經濟危機提供了反思現有發展經濟學理論，開闢新研究領域的絕佳機會，這種努力有助於幫助開發中國家和已開發國家共同應付當前危機。
而根據開發中國家的現實和經驗，林毅夫在世行任職期間提出「新結構經濟學」的理論框架，為發展經濟學的研究以及發展中國家和國際發展機構的政策制定指出一個新的領域和方向。
九月底，他將研究成果出版，二○○一年諾貝爾經濟學獎獲得者邁克爾‧斯賓塞（Andrew Michael Spence）盛讚《新結構經濟學》是一部真正重要且富有雄心的作品，「書中針對經濟增長、產業多元化和發展，成功地描述其複雜的微觀動態結構。」
兩岸分合改變評價
一位受大陸景仰的成功經濟學家，在台灣，卻因為三十三年前的離開，被貼上「叛徒」、「逃兵」標記，隨著兩岸互動頻繁，如今有人因他在大陸的傑出表現，稱他為「台灣之光」。
不僅如此，兩岸局勢從敵對到合作，許多當年視為祕辛的資料也一一公開，許多人好奇一個出生宜蘭，長在宜蘭，個性質樸單純，師長眼中的熱血激昂青年，軍隊中的明星連長，為何投共。事實上，從一九八○年林毅夫寫給在日本東京的表哥李建興的家信，就能了解他心情的轉折，或許並不如外界想像複雜。
他在信中提到對大陸的初次印象，「在大陸這段時間，經組織的安排，我參觀了許多地方，雖然總的來說，大陸在經濟建設方面還相當落後，人民的生活水準也還很低，但基本上每個人是可以吃得飽、穿得暖的，這在中國五千年的歷史上，不能不說是一項突出的成就。在社會主義建設上，中國應該有更高的成就，但是十年『文化大革命』的混亂，使整個中國的經濟瀕臨崩潰的邊緣。現在中國從上到下正在實事求是地檢討建國三十年來的經驗，從中吸取教訓，以便為現代化的中國之建設而努力。」喜歡歷史的他，特地參觀許多名勝古蹟，「但是長城的雄壯，故宮的華麗，並沒有在我心裡留下多少深刻的印象。最令我感到震撼的是，戰國時代，秦李冰父子在成都所築的都江堰。由於都江堰，使四川成為天府之國，而始建迄今已近三千年，但是它還在惠及眾生。當我站在江邊，聽那滔滔的水聲，真讓我有大丈夫若不像李冰父子為後世子孫千萬年之幸福，貢獻一己之力量，實有愧此生之嘆！」
從書信中的文字可以清楚感受，他仍是懷抱救國救民熱情青年，只是每個人對國家的定義與表達愛國的方式互有差異。
他說，台灣的未來，現在正處於十字路口，長期維持那種妾身未明的身分，對台灣一千七百萬同胞來說，並非終久之計。因此何去何從，我輩應當發揮應盡的影響力。「做為一個台灣人，我深愛這塊生我、養我的地方，我願為它的繁榮、幸福奉獻一生的精力；但是做為一個中國人，我覺得台灣除了是台灣人的台灣之外，台灣還應該能對中國的歷史發揮更大的貢獻。長期的分裂，對大陸不利，對台灣不利，對整個中國的歷史更不利。因此，如何在不損害台灣人民利益的前提下，促使中國早日再度統一，是我輩有志青年無以旁貸的責任。」

一九七九年 人生轉捩點
那時，林毅夫只帶著兩樣物品，從金門游到對岸，一樣是能證明他是中華民國軍官的證件，另外是水壺、救生衣等救生用品，並沒有傳聞中的「四顆籃球和機密文件渡海」。事隔多年，他說起往事還是有些激動，「有沒有帶機密文件，兩邊國防部都可以查。此外，他服役的連上沒有四顆籃球，而且游泳怎麼馱著四個籃球，重點是連上並沒有那些機密文件。」他說。
根據軍方調查，一九七九年五月十六日晚上，林毅夫穿著由連長保管的救生衣，趁著當年最大的一次退潮游泳到金廈之間的角嶼投敵。角嶼距離馬山連僅僅二千一百三十公尺，那天兩端的海底幾近浮現，可以踩著海底走上一段，真正需要游泳的距離並不長，不到二小時就能到角嶼。
真實的狀況等到二○一○年他接受《紐約客》雜誌採訪時，才真相大白。原來他是用自由式游了近三個小時，上了岸，因認為海灘必埋有地雷，不敢擅自走動，便用手電筒打信號，解放軍駐防部隊派出一名士兵逮捕他。林毅夫說，到金門當兵，讓他經歷一場劇變，只想著：我想讓中國富強，但是絕大部分中國人都住在中國大陸；所以，如果我到大陸，可以有更大的貢獻。
明星連長成叛將
以台灣的角度，「叛逃」是事實，他也心知肚明，心裡在意的除了家人，就是部隊裡究竟有沒有人因為他的離開而受到牽連？
原先外傳他的營長侯金生因受到責難而自殺。二○○二年林毅夫想回台奔喪，新聞沸沸揚揚，侯金生本人出面澄清說自己還活著，並沒有自殺。會有這樣的傳聞，是因為年僅三十四歲就擔任營長的侯金生，在林毅夫叛逃三個月後退役，讓大家以為是受林毅夫拖累。侯金生對外澄清，當年是自己申請退休，和林毅夫的案件沒有關連。林毅夫「失蹤」後，不但他本人沒有遭到責備，相關的軍士官也無人受罰，甚至連申誡都沒有，侯金生說，可以調閱當年的考勤資料就可證實。
受訪當時擔任中山高速公路岡山收費站長的侯金生說，他最想知道的是他叛逃的理由。從投筆從戎的優秀典範，到被派擔任金門馬山連長，外語能力強的林毅夫，經常被指派接待參訪外賓，林毅夫幾乎可說是無人不知的「明星連長」。
他說，林毅夫失蹤當晚，戰勤室曾經回報林毅夫在海邊「消失」，隨後即傳言叛逃，而依照當年兩岸情況，如有軍職人員叛逃到大陸，大陸就會發射宣傳彈大肆吹捧一番，但自林毅夫「消失」後，直到他八月三十一日獲准退役，都未見大陸發布訊息，他是在日後從新聞報導中才得知林毅夫叛逃。
「選擇一九七九年五月十六日離開，是很困難的選擇，因為女兒尚未出世。」林毅夫說，「我在二月十六日離開高營長（高華柱，現任國防部長），因為當時規定一個人離開三個月，過去的長官不負政治責任，到任不到三個月，當時的長官也不用負責；選擇當天離開，兩位長官因此沒事。」

小檔案
林毅夫，1952年10月15日生，台灣省宜蘭人，原名林正義，後改林正誼，到中國大陸後再改名為林毅夫。宜蘭中學（今國立宜蘭高級中學）畢業後，考上台灣大學農業工程系，上成功嶺受訓後「投筆從戎」，轉念陸軍軍官學校，傳為佳話。1978年林毅夫以軍職身分自政治大學企業管理研究所畢業，1979年2月擔任金門防衛司令部284師馬山連連長，軍階上尉，他卻於同年5月游泳至金廈之間的角嶼投共。
至大陸後，他繼續求學，於1982年取得北京大學政治經濟學碩士，1986年獲芝加哥大學經濟學博士。1993年擔任北京大學教授，隔年北京大學中國經濟研究中心成立，由林毅夫擔任主任一職，之後擔任北京大學國家發展研究院名譽院長。2008年林毅夫被任命為世界銀行首席經濟學家兼負責發展經濟學的高級副行長，成為擔此要職的發展中國家第一人。
2012年世界銀行任期屆滿，繼續教學研究，現任北京大學教授、全國政協經濟委員會副主任、中華全國工商業聯合會副主席。
1975年林毅夫自陸軍官校畢業後與陳雲英結婚，離開台灣五年，陳雲英於1983年赴美攻讀學位，並與當時人在芝加哥大學攻讀經濟學博士學位的林毅夫團聚。1987年，陳雲英帶著兩名子女跟隨林毅夫定居北京。目前為止，總統府與國防部等仍認定他是通緝中的叛逃軍官，刑事責任並不因取得大陸地區人民身分而得免除。