東部海岸開發案不斷，而陸地上的開發，卻造成海面下珊瑚礁的浩劫。台灣環境資訊協會秘書長陳瑞賓表示，根據珊瑚礁體檢調查，台東杉原活珊瑚覆蓋率有百分之二十八至五十，基翬則約有百分之三十，分別達到國際珊瑚礁體檢基金會「優良」及「尚可」標準。但東部有多個開發案正在進行，今年體檢發現，台東杉原、基翬的珊瑚死亡率高達百分之七，是去年珊瑚死亡率百分之一的七倍。

澎湖共生藻協會理事長陳昭倫指出，東部珊瑚礁生態系發達，石珊瑚高達一百多種，據調查，在杉原首次紀錄到台灣海域不曾發現的新記錄種珊瑚「貝氏耳紋珊瑚」；基翬也發現新種珊瑚「台灣擬絲珊瑚」。東部海岸若持續開發，工程泥沙及不明化學物質沖刷入海，可能覆蓋珊瑚，影響其呼吸，造成白化、死亡，將進而嚴重衝擊海底生態系。

當地刺桐部落代表黃苑蓉表示，目前除了違法動工的美麗灣飯店外，環繞著杉原海灣的還有杉原遊艇港、娜路彎大酒店、杉原棕櫚濱海度假村等五、六個大型開發案蓄勢待發。杉原海灣一向是阿美族傳統漁場，許多居民也賴此維生，以往魚群種類及數量都相當豐富，然而在底拖網漁船過度捕撈以及環境破壞下，部落居民反應漁獲已愈來愈少。

台灣環境資訊協會秘書長陳瑞賓表示，東海岸開發案都號稱「環評已通過」、「零汙染」，實際上不是規避環評，就是可能根本沒有進行「海下環評」。台灣號稱「海洋國家」，卻輕忽陸地開發對海洋環境造成的破壞，令人憂心。除呼籲進行海下環評以及重點區域畫設海洋保護區外，並應正視原住民及在地住民對於其傳統領域的使用權利。