立法院本會期休會前通過行政院組織法、中央政府機關組織法、中央政府機關總員額法、行政院組織功能與業務調整暫行條例「政府再造四法」。其中最受關注的是政府組織的大翻修，政府遷台以來的八部二會改為十四部、八會及三個獨立機關。這項變革固然因應時代的變遷，但也遷就了現實的因素。

行政院組織法從政府於三十八年遷台實施至今，未做重大修正，已不符時代潮流和現實。行政院從七十六年開始研修，雖迭經研討，卻始終無法落實，關鍵在於遷就既得利益者，政黨間更因統獨意識形態的爭論始終無法議定。

扁政府於九十年成立「政府改造委員會」，推動政府改造，但在立法院始終叩關不成；馬政府於九十七年成立「組織改造推動小組」，幾經討論，總算通過。其間經過兩次政黨輪替，兩黨之間對於一些爭議性的問題比較有共識，才通過了這項組織的改造方案。

新組織法中的十四個部會除了原來的八部之外，多了勞動部、農業部、衛生福利部、環境資源部、文化部、科技部，這些部分別是從勞委會、農委會、衛生署、環保署、文建會、國科會改制而來，是依原有架構，就社會現實做必要的擴增，升格為部。

有些委員會形將消失，業務併入相關的部，如新聞局、原能會、體委會、工程會、消保會，而過去備受爭議且各方認為已經過時的蒙藏委員會、青輔會已將業務併入陸委會和教育部，符合現實情況。只是僑委會還保留，難免有遷就現實之議。

基於族群和諧和保護本土文化而在近年來分別成立的原民會和客委會在組織改造中保留了下來，議者認為為特定族群保留這些部會，是以選票為考量，否則像新聞局、消保會這樣的機構為何要裁撤呢？而退輔會本應該併入國防部，但還是保留，以選舉為考量的斧鑿痕跡就更為明顯。

新組織法中有三個獨立機構，分別是中選會、公平會、國家通訊傳播委員會，這三個單位應該獨立。但是民進黨批評，中央銀行和金管會被排除在獨立機關之外，形同國民黨把政治黑手伸入國家金脈。央行和金管會如果能夠獨立運作最好，因為不受政黨牽制，才可能為全民的利益上制定政策。

本來政府機關改造的主要精神在於精簡員額，發揮最高的效能。與其他國家比較，二十九個部會算是多的，日本才十二省廳一府一會，美國只有十五個部，組織改造之後，各部會不減反增。其間就有太多遷就現實和選舉因素的考量。

立法院通過的中央政府總員額法，將現行中央政府總員額十八萬二千人縮減為十七萬三千人，雖符合「精簡」原則，但目前的總員額只有十六萬四千人，顯然還有百分之五的成長空間。無異藉「精簡」之名行「擴充」之實。

政府組織改造的目的在於提高行政效能、革除官僚陋習，它的基本原則就是精簡組織、減少冗員，但是整體改造的結果，理想落實的少、遷就現實的多，可見理想與現實之間，尚有很大的落差。