最高檢察署特偵組偵辦民進黨內閣首長特別費案偵查終結，依貪汙治罪條例等罪嫌，起訴前法務部長施茂林等五人。檢方指控，五位前部長涉嫌使用不實單據，分別詐取特別費四萬多元至六十一萬多元。自從特偵組偵辦前總統陳水扁的國務機要費案之後，藍綠的鬥爭加劇，綠軍告發前台北市長馬英九的首長特別費報銷有問題，而藍軍也以同樣理由告發綠營內閣首長。其中馬英九案的偵辦備受矚目，雖最後宣判無罪，但是幕僚余文卻因此鋃鐺入獄。其間檢方和院方觀點的差異，頗令民眾難解。

民進黨最初被告的四大天王中，參選總統的謝長廷和蘇貞昌檢方予以不起訴，沒參選的呂秀蓮和游錫卻被起訴。雖然檢方洋洋灑灑臚列種種理由，詳述起訴和不起訴的緣由，但是民眾卻不可能不與政治聯想，而認為這是一項政治性的起訴。

特偵組起訴了前教育部長杜正勝等五位首長，前陸委會主委蔡英文等五人被以查無具體犯罪事實簽結。其間的差異在於單據報銷的實在與否。其實，首長特別費的歷史由來已久，大多數首長都當作額外津貼使用，報銷也多半委由幕僚處理。個性拘謹的，可能會注意；個性大而化之的，可能不曾過問。

如果說報銷的單據中出現一些很奇怪的發票，類似藥品、小吃、甚至內衣褲，其實也不足為奇，只是幕僚設法找發票把經費報銷掉而已。因為主計處或人事局從來沒有說過特別費的性質和使用範圍，長久以來只要報銷就了事，沒人出事過，也沒人質疑過。

首長特別費過去領取的方式分成兩類，一半憑領據列報，不需單據核銷；一半則需檢具原始憑證列報核銷。雖然這次的偵辦標準是「只查單據、不查領據」，但是對於單據的報銷和核實，還是完全看首長個性，以及他們對於特別費性質的認知。

日昨被起訴的五位前部長幾乎異口同聲喊冤，根據特偵組的調查，施茂林涉嫌詐取特別費十八萬三千元、杜正勝三十六萬一千元、李逸洋四萬三千元、林嘉誠六十一萬九千元、朱武獻六萬五千元。政務官八年任內貪個六萬、六十萬元，實無此必要。

整個首長特別費案件調查的起因是由於政治鬥爭，偵辦過程中衍生更劇烈的政治惡鬥，而且浪費大量司法和社會資源。

國民黨中央政策會執行長林益世等人日前提案修法將特別費除罪化，各機關首長副首長支用並報銷的特別費，只要在二○○六年底前完成，均視為已依法核銷完竣，若涉偽造文書等罪，全數免除其刑。但是因黨內反彈聲四起，批他在替貪官汙吏解套，林益世又在日昨撤案。

這些聲浪多半是因為政黨鬥爭的理由，其實涉案首長是不分藍綠的。首長特別費基本上可以說是歷史共業，除罪化其實已獲得多數司法界和社會的認同，讓它除罪化，雖不合法，但尚合情；只是以後應完備法律規則，而首長特別費更要納入薪資所得，以免陷人入罪。