文／林嘉澍

光緒元年（一八七五），沈葆楨為牡丹社事件領軍來台，因艦隊行船平安，任務順利，便上奏朝廷准建「海神廟」於普羅民遮城的廢墟之上，以謝神恩。但因沈葆楨被急調回大陸執行新任務，建海神廟就延緩了。光緒五年，知縣潘慶辰將城垣高度削鑿一半，填實為台基，並在台基上興建龍王廟，即後來的海神廟。

光緒十年，中法戰爭結束，新時代新希望，光緒十二年，台灣知縣沈受謙為了振興文教，在赤崁樓的西側建了「蓬壺書院」，並在城堡殘蹟上蓋「五子祠」、「文昌閣」，重修海神廟。

隔年，劉銘傳又在文昌閣的前方重建「大士殿」，供奉觀世音菩薩，光緒年間赤崁樓已具備了廟、閣、殿、祠和書院五大中國建築形式，高低相互錯落，紅牆飛簷交織成畫，美不勝收。於是赤崁樓變成文風鼎盛之處，也成為府城民眾的信仰中心。

一八九五年，日治始政，日本人把赤崁樓改成「陸軍衛戍醫院」。日治時期蓬壺書院因地震損毀，五子祠亦毀於颱風。大正七年（一九一八），赤崁樓改為日語學校和學生宿舍，醫院遷離。昭和十年（一九三五），重新發現普羅民遮城的舊城門，又發掘荷蘭炮台遺跡，因此將赤崁樓改為歷史館。日本政府指定為「重要史蹟」。

昭和十七年（一九四二），赤崁樓因颱風再度受損，日治時期的末代市長「鳥羽又男」，籌畫修復赤崁樓。他不顧皇軍反對，上報總督府，促成總督府組成團隊進行大規模整修。今赤崁樓仍有鳥羽又男市長的銅像，乃是感謝末代市長，在太平洋戰爭之際，財力窘迫仍進行維護古蹟，為台灣留下珍貴的文化遺產。

台灣光復後，赤崁樓被改制為「台南市歷史博物館」，原本在大南門城內的九座御贔屭碑座，遷移到赤崁樓台基處，靠著牆邊一字排開，赤崁樓顯得更壯觀了。

如今的赤崁樓古蹟古物仍然很多，如普羅民遮城稜堡遺蹟、紅毛井、斷足石馬，御贔屭碑座，義民祠牡牝石獅、魁星爺神像、碑林。

鄭成功去世後，葬於台南縣永康鄉鹽行村洲仔尾。康熙三十八年（一六九九），奉「恩旨」遷葬福建南安故里，其原有陵墓逐漸被淹沒於荒煙漫草，一直到乾隆五十一年林爽文之變，清朝將官鄭其仁殉難，遺族認為鄭成功陵墓的風水好，特別請官府允許葬在洲仔尾。當時墓前有兩匹石馬，稱為「石馬墓」。後人誤將此墓當成是鄭成功的墓寢，今已正名。石馬一匹已失，另一匹斷足石馬，即今赤崁樓所見。