新的刑事訴訟法，最大的進步在於「無罪推定原則」條文化。舊法雖蘊含無罪推定的精神，但卻無明文規定，導致司法實務上模稜兩可，無遵循之依據。
新法將無罪推定原則條文化，使掌握強大公權力的檢察官必須負起舉證責任，推翻被告無罪的推定，證明被告有罪，否則在無證據之下，被告應該被視為無罪。同時，為了避免將舉證責任推向法官與被告，形成法官裁判兼球員的窘境，新制刑事訴訟法的「無罪推定原則」的法條，也讓法官的立場將更中立。
或許有人會懷疑「無罪推定原則」的人權訴求，與社會安全的公共利益互相牴觸，然而，這樣的指控未免太聳動人心，如果光憑「有罪推定」的心證，就可以把一個人抓起來，這是檢察官失責怠惰的做法。從統計機率學來看，假設這個人確實犯案的機率有一半，那他受到冤枉的機率也有一半；但如果嫌犯是被冤枉的，由於心理不平，將使其犯罪的期望值加大，加上原先在逃的犯案者再累犯的犯罪期望值，兩者的犯罪期望在扣掉抓到的是真正的犯案者的期望值，其總犯罪總期望值必大於以「無罪推定原則」來辦案的犯罪期望值。也就是說，「有罪推定」造成社會安全的損失必大於「無罪推定」，那麼「無罪推定」與公共利益互相衝突的說法就不成立，其理甚明。
法律的用意是在保護人民、教育人民，而不是懲罰人民，其出發點是正面的、教育性的，是以人為本的。從人性本善的角度思考，可以知道「無罪推定原則」與「證據法則」不僅是保護個人基本人權，對於司法審判的公正性也有重大的影響。
「人性本善」原為我國儒家文化的思想，卻在近代被西方法學思想家運用到法理上，證明真正進步的公民社會，必須回歸到以人為本的「人本思想」。西方思想家康德曾說：「每個人都應當被尊重，而且被承認他本身就是絕對目的。因外在目的，把一個人當作工具來使用，便是侵犯了人天賦的神聖權利。」也就是說，每個人都應該享有基於人性尊嚴之根本權利，這也是西方人權思想的啟蒙。若言（新竹／工程師）