台北憲兵隊為了追回白色恐怖時代的文件，非法搜索民宅並將民眾帶走事件，引發爭議。雖然這起搜索事件在今日時代看來荒唐可笑；但事件背後凸顯的國家檔案外流及政府不重視公務文書保存的問題，才更值得關注。顯然，不只《檔案法》需要重新檢討，公務員亦須具有保護公文書及檔案的意識與責任。

解嚴以後，類似憲兵隊這種違法搜索的情況幾已不見，只能說是軍隊與現實脫節，完全不知道現在已經是民主法治時代，而且憲兵也不知道這些文件滿街都是，根本無須用搜索的手段取得，只要花一萬元就可以輕鬆買回。因此，對於搜索事件不必以戒嚴時期白色恐怖案件看待。對於人民權益的侵犯當然必須依法追究，但從事件前因後果看，搜索案名之曰「烏龍事件」應不為過。

然而，這其間卻凸顯一個問題，國家檔案外流嚴重，而且坊間買賣這些檔案早已行之有年。市面上流通最多的是抗戰時期的文物史料和白色恐怖時期的文件。這些文物的流出，一是資料解禁時，相關單位沒有做好歸檔保存的工作；二是首長私藏於家，後代子孫當廢物處理。命運好的流落街頭，被識貨者當寶收藏，命運差的就遭焚毀或被當垃圾處理，從此消失，再也找不到了。

對於歷史文物稍有概念的人都知道，所有的檔案、文件都有歷史價值，即使是解密或是事件早已為人們所淡忘；但是歷史事實永遠不會過時，文物的保存便相對重要。上世紀九○年代是文物外流的第一波，因為台灣剛剛民主化，倖存的政治受刑人或家屬渴望知道被掩蓋的事實，當年新聞界亦重視如孫立人等案件的史實，大作翻案文章，當時就有大量的文件出土。第二波則是二○○○年政黨輪替，一些首長的藍二代家道中落，開始出售長輩的勳章、文物，一些首長的日記、照片都紛紛出籠。

據文史工作者徐宗懋的經驗，第一輪古物商會把張大千、黃君璧、于右任的書畫高價買走；第二輪古物商則是挑高級勳章、褒揚狀、黃埔短劍；剩下比較不值錢的則是政府文件，這時候才會輪到「小咖」收藏家出手，不過已經算是撈到寶了。這其中有些是私人家當和文物，誰要賣誰要收藏，無法過問；但是政府的檔案文件外流，則是必須正視的問題。

據現行《檔案法》的規定，檔案保存年限依其性質和價值，區分為永久保存和定期保存；有些文件各機關可以決定是否銷毀，但要送中央主管機關審核。國家檔案局於民國九十年成立，《檔案法》於九十一年實施，換句話說，戒嚴時期的許多文件早已流落在外。這些文物應該要追回，但如何追回的確是個問題。

所有的公務文件基本上都有歷史價值，不能銷毀，就算是首長的私人文件，包括日記和照片，政府也應該設法向其後代爭取保存。像蔣公日記流落海外就是一大缺憾。中研院曾經做過口述歷史的工作，顯見所有的歷史人物和文物都是少了一件就損失了一件。檔案局在文物保存工作上應該更積極主動；《檔案法》也應該重新檢討修訂。