海基會預算在立法院面臨被刪減的危機。逼得新任董事長吳豊山嗆聲說：如果被刪了一億，我明天就辭職。此話雖以自身信譽為基底，而引起社會重視，但實質上並無助於海基會逐漸邊緣化的處境，究其原因在於其失去它應有的使命與功能。

一九九一年在海基會成立之初，即言明：「是目前政府唯一依據《台灣地區與大陸地區人民關係條例》（簡稱兩岸關係條例）第四條『行政院得設立或指定機構，處理台灣地區人民與大陸地區人民往來有關之事務』成立運作的機構，以大陸委員會為主管機關，接受政府委託授權，與中國大陸針對涉及公權力行使的事宜進行聯繫協商。」海基會成為政府大陸工作體系中，重要的一環。

海基會是兩岸官方證認的白手套。而白手套的存在乃是基於雙方有握手之必要，但無法直接握手，所以隔一層手套，以避開官方對官方的政治敏感帶，使交流得以順利進行。這可以從一九九一年開始接觸協商以來，歷經一九九三年的辜汪會談，到後來馬英九時代直航談判、多項經貿協議、ＥＣＦＡ等等，兩岸間確實充分運用海基會做了不少交流，也做了不少福國利民的事。

而蔡英文執政後，由於拒絕承認九二共識，因此兩岸間難以進行溝通。八年下來，除了一些例行性的文書查證與事件探詢之外，海基會功能幾近喪失。但兩岸間還是需要有溝通管道，那怎麼辦？就只有透過某些民間傳話。

但賴清德上台後，情況更嚴峻了。這是由於蔡英文基本原則是「不承認九二共識，只說九二會談」的層次，但賴清德則有意推動「不言明的兩國論」。此可以從陸委會與國安單位的政策傾向，即希望造成兩岸是官方對官方的接觸談判看出來，如此即是兩國論的實踐。

例如金門翻船案，陸方有地方台辦代表、海協會人員、紅十字會人員；台灣方面是陸委會文官領銜，海巡署等參與。近日則是針對具有中華民國國籍、戶籍的陸配擔任公職案，民進黨政府定調中華人民共和國籍就是「我國以外的國籍」，這點內政部與陸委會立場一致。這也是對《兩岸關係條例》的否定。畢竟，在條例中是區分為大陸地區與台灣地區，而不是兩個國家，所以不適用於《國籍法》。

明確言之，政府有意拋卻民間手套，造成官方直接談判形象，則海基會當然變成漸失功能的多餘存在。原本海基會預算中的各種兩岸交流活動，基本停擺，僅剩下一些宣傳活動，以備和大陸做認知戰的文宣座談。如此一來，海基會的原本功能全失！

德高望重的吳豊山以社會賢達身分，願在此時擔任海基會董事長一職，確實令人感佩。他也頗有「老驥伏櫪」的氣魄，想擔當起兩岸重開談判的任務。可惜的是大結構如此，賴清德領導的政府也只是想達成「官方對官方談判」的形象，以無形中完成兩國論的實質踐行，則海基會功能必然喪失了。

這便是海基會的處境，當官方有意取消白手套，即使再為白手套擦脂抹粉，套上珍珠桂冠，仍將被棄於地。海基會的失能困局不在預算，而是在此。