高檢署查黑中心檢察官趕在農曆春節之前，偵結馬英九首長特別費一案，並將馬英九及相關人提起公訴。從檢方整個偵查、心證與起訴過程來看，有著諸多值得討論之處。

首先，國人有陳水扁的國務機要費已起訴，那麼馬英九特支費也應起訴的觀感。依筆者淺見，「國務機要費」和「首長特支費」兩案的性質大相逕庭，就關鍵之處的行為人「主觀犯意」而論，似乎也頗多相異。

以馬英九首長特支費案的內容檢視，馬英九顯然欠缺犯罪的故意，頂多是因為特支費定位不明，自己對於承辦人員的「便宜行事」又疏於監督指正，屬於「過失」行為，而貪污罪並不罰及過失。

其次，檢察官工作繁忙，我們對於檢察官的判斷與心證，當然必須加以尊重。如果檢察官在承辦備受社會矚目的案件時，就已經被媒體和輿論所干擾影響，深怕做出和社會預期不同見解的處分時，會飽受非議，而不得不「先起訴再說」，甚至把球踢給法院，那麼不但侵害司法正義，也傷害檢方自主公正的立場。