《四庫全書》是中國典籍的一次最大的集結，紀曉嵐為總纂官。前後參加《四庫全書》纂校的人數，多達四千三百餘人，堪稱中國圖書有史以來的「校勘之最」。
 
但是，這部巨著校勘差錯頗多，究竟為何？

其原因首先在於，這樣一項浩大的纂修工程，由於一些纂校者的程度不一和入選書目固有的缺陷，自然免不了紕漏。
 
乾隆四十三年（公元一七七八年），開始初覽部分的抄本，他發現差錯頗多，於是在是年的農曆五月二十六批諭道：「進呈各書，朕信手抽閱，即有訛舛，其未經指出者，尚不知凡幾。既有校對專員，復有總校、總裁，種種復勘，一書經數人手眼，不謂不詳，何竟漫不經意，必待朕之遍覽乎？若朕不加檢閱，將聽其訛誤乎？」

諭旨一下，朝中惶惶，凡參與校勘的官員多數都受到了處分，只有紀曉嵐幸免，這是上諭特准免赦的。自此之後，校勘考訂嚴上加嚴，紀曉嵐更是如坐針氈，不敢有絲毫懈怠。
 
果然，經紀曉嵐復校的「文津閣」藏本，查出騰寫有錯字、漏字句子的書一共六十一部，漏寫《永樂大典》三部，漏寫遺書八部，繕寫未全者三部，坊本抵換者五部，文字有舛誤者一千餘處。其他六閣的藏書，大致也是如此，差錯多多也。
 
平心而論，涉獵這麼多書，參與校勘的官員水平也不盡一致，出現一些訛誤可以理解。

然而，有些差錯卻是人為的，有的官員為了拍皇帝的「馬屁」故意製造錯誤。
 
他們把書中每頁的第一個字，故意寫成錯字，乾隆在「御覽」時如果發現了，就能表現一下高明；如果乾隆沒有發現，校勘人員也不敢改正，遂成為「欽定本」。有些錯就是這麼來的。

《四庫全書》中還有一些對原書故意改動的，這是出於清朝統治者的需要。如把原書中的「胡」改為「金」，「虜」改為「敵」，「賊」改為「人」；「虜廷」改為「北廷」，「入寇」改為「入塞」，「南寇」改為「南侵」等等。