中央研究院第三十次院士會議刻在台北舉行，林毓生院士發起連署，期盼改正大學評鑑干擾學術自由的現象，獲得多名院士的響應，院長翁啟惠也表示，現在大學評鑑多在論文和期刊的指標上鑽牛角尖，把指標變目標，扭曲了大學評鑑的目的和意義。大學裡最重要的氛圍就是學術自由，如果學術自由受到干擾，怎麼可能培養出一流的人才？

大學的興辦是以培育人才為目標。大學為了爭取教育部的預算補助，教育部制定了大學評鑑的辦法，但是行之多年也慢慢變了質，論文指標變成重點；往往本末倒置，為了爭取指標反而忘了辦學初衷。林毓生就說，政策方向完全錯誤，以為以齊頭式、機械化的管理方式，就可以提升教學與研究水準。

林毓生認為，當前「高教評鑑中心」採行的評鑑方式，是閉門造車，何況該中心也沒有任何監督機制，如何能客觀？而且每五年就是要接受評鑑一次，也過於頻繁，讓人疲於奔命，嚴重影響教學與研究，應該將評鑑延展為十年一次。不管是五年還是十年，如果評鑑流於枝微末節，就無法達到評鑑的目的。

針對院士的連署建議，教育部長蔣偉寧表示要全面改革，解除現行的框架，改為「大學自評」的方式，由各大學依各自發展特色，自訂評鑑指標，建立自評機制，當然也可以從全世界相關領域延聘最好的學者協助自評。

蔣部長構想的這項改革方案可以讓各校發揮自己的特色，不必為了應付評鑑去迎合各項指標；但是各校可能要花費更多的力氣在評鑑工作上，也可能最後做出一些虛假的數字來，而教育部又要另設一個機構來審查各校的評鑑結果。這樣做更是勞民傷財，也嚴重干擾了學術研究和教學的本業。

這個情況與五年五百億預算的分配有點類似，最後的結果就是大家放著正業不務，急著迎合教育部的指標去爭錢。固然現在各大學辦學很辛苦，經費不足，但是演變到以爭取預算為目標，就完全失去了教育的本旨。大學的目標在於追求學術卓越，最根本的是要讓大學擁有自由的空間。

只有自由的學術環境才有可能培養出一流的人才來。當今世界頂尖的大學絕非靠著政府的預算來支撐其校務，所以能獲得舉世的肯定也不在於學校有多少經費，而在於它的學術成就、以及它所培育出來的頂尖人才，能為社會所用，能對人類做出偉大的貢獻。

中研院院士會議對於大學評鑑提出批評，顯見當前大學評鑑制度的確是個大問題，它不只扭曲了學術發展的方向，同時也會扼殺大學做為培育人才搖籃的機制。為了評鑑，許多學校不再重視人文和基礎教育，也不重視教學型的教授，教授們趕著交報告、寫論文，甚至於從政，人文學者的經典論著也不受重視，這樣的管理主義思維，是對大學教育斲傷。

林毓生院士最後的提案名稱是「重建大學教育與人文精神」，只把評鑑納入其中一項建議，最主要的還是在於強調大學的基本精神，要回歸人文主義和學術自由的風氣。事實上，也只有擺脫一切形式主義的干擾，讓學術回歸自由，大學教育才能回到正軌。