導演魏德聖曾說：「感謝眾多天使力挺，造就了電影《賽德克‧巴萊》。」同樣的，佛陀紀念館的綠化植栽也是來自十方的菩薩成就，莊嚴了此一佛國淨土。佛館建設之初，除建築物需要規畫，更要規畫停車位和景觀綠化，綠化由「佛光淨土文教基金會」承擔，主要負責植栽工作的覺省法師說，佛館的大小樹木有一特色：盡量保存「原住」的風貌，善意接收或搶救樹木「倖存者」，並延續其生機。

別看如今每棵樹都綠意盎然，它們移植來的過程卻備嘗艱辛，不為人知。覺省法師說，「櫸木是佛館綠化種下的第一種樹，當時滿勇法師想到俗家兄長邱炳光珍藏不少樹木，問能否布施？邱炳光二話不說，上百棵適合庭園美化的櫸木立刻從苗栗運來，成為佛館第一位捐獻樹種的人，也因此讓滿勇法師體會到，哥哥為出家妹妹義無反顧地提供強力後盾的感動。」繼櫸木後，邱炳光又捐了適合當行道樹的杜英、防風林第二線樹種的水黃皮、可供遮蔭的大葉欖仁等樹。

在佛館北面，為了遷就原生榕樹景觀，大師下令不准砍伐，而是將在別處已被砍伐的兩棵榕樹找來，分立兩側，因此從榕樹開頭，呈現佛館多元的林木生態。佛館最多的樹當屬樟樹，現有「樟樹林祇園」，取樟樹成林的意涵，樟樹屬常綠大喬木，樹型優美、樹葉濃綠，是上等的造林園景樹，多被當為縣樹，但因成長緩慢，所以要綠葉成蔭，必須好幾年的時間，園內幾十棵都是原住的，樹徑五、六十公分，高過十公尺，可謂自然中的珍寶。

佛館的每棵行道樹至少都在三公尺以上，樹徑也在十公分或更粗，如果購買花費相當可觀，不過事實上，「一切都是布施結緣而來！」而對捐樹者來說，有塊土地能更專業的照顧承襲自父親時代的樹種，是令人雀躍的，例如捐樹者陳禎銘的父親在市郊有塊樟樹林地，該地有著陳家人數代的汗水和回憶；在女兒提議下，他將幾百棵樹移植到佛館後，有次帶全家人來參觀，看到自家的樹能延續在聖地，受到佛光加持，並庇蔭諸上善人，都覺得不虛此行。