目前治療慢性B肝的用藥主要有兩種：針劑型的干擾素及口服抗病毒藥。干擾素為固定療程、無抗藥性問題，但針劑型較不方便且較容易有副作用；口服抗病毒藥相對較少副作用，但往往需要長期治療才能評估效果，而且較易有抗藥性問題。

台大醫院內科部暨肝炎研究中心醫師劉俊人表示，臨床上會依照患者的年齡，建議優先使用哪一種藥物，比如年紀較輕或是有生育需求的女性，會建議先使用有固定療程的干擾素來評估治療效果，有效與否可在一定時間內得知，若治療失敗再轉為需要較長期用藥的口服抗病毒藥物，尤其在生育年齡的女性，用藥期間多半不建議懷孕，但是結束療程後就沒有此限制。

基隆長庚醫院胃腸肝膽科主任、B肝策進會台灣分會會長簡榮南指出，干擾素消除表面抗原的機率較高，使得未來幾乎不會再復發肝炎，而且臨床結果顯示，在療程結束後藥效仍持續作用，可提高e抗原、表面抗原消失比例。

口服抗病毒藥則是直接抑制患者體內的病毒量，簡榮南表示，對於年長者、需要用藥較久的或肝臟已纖維化等患者，會建議使用抗病毒藥，由於病毒量被視為預測肝癌的重要指標，但使用抗病毒藥者，如果因為經濟等因素而自行停藥，反而有抗藥性的風險，因此，健保局自去年十一月一日，擴大對B肝用藥抗病毒藥物的給付，從十八個月延長為三十六個月。

今年七月一日健保局再放寬慢性B型肝炎的給藥門檻，當患者使用第一線抗病毒藥物產生抗藥性時，可合併第二線藥物治療，健保給付期限延長至三年；復發的病患可換藥再治療一次，療程為三年。

此外，肝硬化患者，也被納入口服抗病毒劑治療的給付範圍，實證研究顯示，這些患者長期使用口服抗病毒藥物，可降低未來產生肝癌或肝衰竭的風險。