公認為台灣第一家自然生態書籍出版社，「大樹文化」以極少的人力和資源，推出一本本品質精良的自然生態書籍，建立良好的口碑和形象。

然而，就在二○○五年年底，成立十三年的大樹文化，卻傳出因出版生態環境的改變，經營困難，決定結束營業。當時有多家出版業者都表示有意承接，如農學社總經理陳日陞就曾積極遊說張蕙芬繼續經營出版，張蕙芬說：「有錢進來，也無法解決問題，因為我是真的不想再『經營』一個出版社。」因此，儘管多方人士有投資意願，她仍興趣缺缺，「在現今出版環境下，小出版社實在太難生存了。」所以他還是選擇停業。

但是，大樹已然成其大，怎許任其倒塌、枯萎！在二○○六年植樹節前，天下文化與張蕙芬談定策略聯盟合作計畫，將大樹轉型為一人製作公司，負責企畫編輯，再由天下文化接手所有圖書出版的後製與發行推廣工作，「大樹」從此持續展現綠意，根更深廣，枝葉更茂密。正如天下文化負責人高希均所說，大樹成立十餘年推出二十九部作品，獲得的出版獎項兩倍餘出書量，成就斐然。他希望大樹繼續出好書，活得更好。誠然，有心的文化人事惺惺相惜的。 更何況天下文化過去未著力於自然生態書籍出版，基於「買得到牛奶，就不必自己養乳牛」的認知，讓出版做到專業分工，而不要浪費資源去競爭。這次雙方合作，使天下文化在強調「世界觀」的基礎上，落實立足台灣、關懷本土的想法。

隨著的大樹重生，張蕙芬著重「貼近大眾」的出版，《菜市場魚圖鑑》重新上市，緊接著推出以台灣的蘭花為主題的《野生蘭》。