陳水扁總統為因應禽流感可能入侵，引發致命性的流感大流行，特別召開國家安全高層會議。隨後行政院舉行記者會提出警告，由於亞洲地區各國相繼淪為禽流感疫區，台灣雖非疫區，但極可能透過人、禽、畜等不同途徑侵襲台灣，爆發「殺手流感」或「超級流感」大流行。

依美國疾病管制局模擬預測，如果流感大流行，我國感染的人數將達五百三十萬人，占全人口的四分之一；其中須住院治療者高達七萬餘人；因而致死者亦超過一萬四千人。對社會的影響與經濟的傷害，遠於二○○三年緊急呼吸道症候群的十倍以上。

世界衛生組織預估，若流感大流行，全世界因而死亡者至少有二百萬人，甚至高達七百萬人，必重創全球經濟，引發種種社會問題，造成大災難。在上個世紀全世界曾爆發三次流感大流行，發生的時間分別為一九一八年、一九五七年、一九六八年。在一九一八年那次流感大流行時，全球死亡人數高達四千萬人；當時台灣人口才三百萬，便死亡二萬五千餘人，可見流感是對人類威脅極大的傳染病。世界衛生組織的專家分析明年首季高病原性H5N1禽流感病毒演變成大流感病毒的可能性最大，可怕之處在於其病毒基因一直在突變，迄今尚未能找出任何一種疫苗，能有效的加以預防。

台灣一旦發生新型流行性感冒，其影響依農業委員會評估：將導致消費者恐慌，禽品消費大幅減少，餐飲業、通路商、加工廠、養禽業、獸醫業、飼料業、動物用藥品業、污染防治業、中間承銷商、屠宰業等一連串的產業的六十萬從業人員都將蒙受傷害，產值損失逾三百億元。另外，國產禽品無法外銷，撲殺感染區家禽補償費、緊急防疫、穩定禽品價格，尚需支付五十億元。這些還只是農業方面的損失。若加上醫藥、勞動力損失，以及各項關連影響，其傷害之巨大，實難以數計。

為防制流感入侵，導致大流行，立即採取積極行動，乃是當前急務。

一、儲備預防：對於目前較有效流感抗病毒藥劑，因全球供應量有限，應及早儲存備用，其數量以達到世界衛生組織建議的百分之十為目標，並應與鄰近國家聯合加入區域抗流感藥物儲存庫。長期應自行研發本土自製疫苗。

二、阻絕入侵：依世界衛生組織發布的資料，目前亞洲已有十一個國家淪為禽流感疫區，台灣雖非疫區；但因禽流感可經由人員往來、禽品輸入、候鳥過境等途徑進入。故應採取嚴格措施，施行檢疫，嚴禁接觸，務求阻絕於境外。

三、健全醫療：有鑑於前此緊急呼吸道症候群肆虐台灣時，國家醫療體系慌忙錯亂，造成傷亡與全民恐慌。應早作規畫，務求能得到妥善適當的醫療照護，並能防止感染的擴散。

四、整體動員：重大疫病流行，影響的層面極廣，如走私的禁絕；物資供應與價格控制；通路控管與擴散防制；社區防疫與衛生教育；病源根除與救濟補償，樣樣不可疏忽。但事態雖緊急，心理要鎮靜，態度要從容。