由於人文科系存廢問題的爭論，大禹治水被拿出來討論。一派論者認為大禹治水被視為神話，所以不需要教。但另一派認為，大禹治水與夏朝文明已有考古的證據，因此更應列入教材之中。進入考古學則科學上的論據很容易找，各地古蹟挖掘都可找到華夏文明起源的證據。這一點倒是不需要爭論。

可爭論的倒是否定的一方仍持五四時期顧頡剛、錢玄同在《古史辯》中的疑古論點。疑古論者有一個最大問題是：無法分辨神話傳說、種族圖騰與真實歷史之間的關係，因此將種族起源的傳說，視為是一種信史的顯現。於是，種族圖騰的蛇、大蟲、長蟲（這在原始部落社會習以為常，像排灣族的圖騰就是百步蛇），便被視為是真實的描述。因此而有大禹是大蟲之說。

如果追究起來，蒙古族的民族起源傳說更為有趣。《蒙古祕史》裡寫著：「在遙遠的西方有處大湖泊，有一匹承上天之命的蒼狼渡湖而來，娶了溫柔漂亮的白色牝鹿為妻，他們來到鄂嫩河的源流不兒罕山，在這兒，他們生下巴塔赤罕。這就是蒙古人的祖先。」

文化人類學研究已清楚表明，原始民族的歌謠與傳說，總是不脫幾件大事：首先，是天地萬物起源、自然天象的變化等。如雷電是因為有雷神發怒，洪水是因為天神的怒火與眼淚，自然生物的起源故事等；這是為了便於解釋某一種自然現象，了解自然界的生物特性，並懂得趨吉避凶。

其次是祖先來源的故事。每一個民族都有自己民族起源的傳說，它總是與當地的自然環境、生態系統有關。其三，是有關民族生存的記憶，特別是關於洪水、災難、瘟疫、死亡、戰爭等。這是攸關民族生存之所繫，所以總是會留下各民族因應方法。如如何尋找武器，避難的方法，洪水後倖存的孩子，要如何生存，交合繁衍下一代等。

在中國大陸，關於民族起源的神話傳說，《詩經》裡有不少描述。例如黃帝生而神靈，還很小的時候就會說話；殷商的始祖叫契，他的母親名簡狄，簡狄在洗澡（以前應該都是在河邊）的時候，見一隻「玄鳥」（灰色的大鳥）從天空中抓了一個蛋丟下來，她撿起來吃下，竟懷孕而生下了契，這就是殷商的始祖。這都是民族圖騰的故事，充滿神話傳說的成分。這正如人們不會用百步蛇去考證排灣族的基因真的有百步蛇ＤＮＡ是一樣的道理。

但商朝後來的可考證的歷史，例如婦好墓的出現，甲骨文的使用，武丁的統治，部落之間的戰爭等，就是有證據可尋的歷史，可逐步研究而使之完備起來。這便是我們研究西洋史，也會從神話傳說時代進入信史是一樣的道理。

因此環繞在歷史教科書裡要不要有大禹治水，也可以由神話傳說逐漸演進到信史，這本無衝突。可惜的是，台灣完全泛政治化了。把大禹歸為中國元素，就是要去掉。這已經失去歷史做為人文科學應有的理性與寬廣的視野，而淪為政治的口水。可惜的是，台灣的歷史教育，未曾討論如何培養人文心靈，從神話培育美學涵養，那些主管教育的委員們，只在政治小圈圈裡互吐口水，為了要不要有某一些課文大吵，這些作為只是在浪費孩子的生命。