油電費雙漲引發高度民怨，馬總統親自召開臨時記者會表示，對於這段時間造成物價上漲，讓民眾感到不安，他深覺對民眾有所虧欠，很過意不去。他也宣布，電價一次漲足的政策改分三階段進行調漲。這個政策的轉彎顯示改革的確不容易，現階段是陣痛期，如果不進行改革，將來財政等各項問題會更嚴重，甚至會禍延子孫。

馬總統的第二任期還沒有展開，但為了回應選舉期間的民意反應和選後的整體情勢，著手進行改革，推出實現社會正義、賦稅公平、開拓外交、降低升學壓力四大措施。分別是：油電雙漲、開徵證所稅、開放美牛進口、推動十二年國教。自推動以來，不只民怨四起，立法院也罵聲不絕；政策一改再改，還得馬總統親上火線說明，期能平息民怨。

選後新閣首先端出美牛進口政策，政府的態度是對美外交關係必須要顧及，且日本、韓國都未因為瘦肉精而禁止美牛進口。在野黨認為美國在大選期間替馬總統助選，不願意在美牛問題上讓步。最後政府提出「安全容許、牛豬分離、強制標示、排除內臟」十六字訣之後，稍緩壓力。最近突傳美牛發生狂牛症，風浪又起。

油電雙漲牽涉到物價，政府採取「一次漲足」的方式就引發很大爭議。過去政府為了選票不敢提漲價案，如今無連任壓力，一次漲足，這如同餓了三天，突然暴飲暴食，一定會產生副作用。油價一次宣布漲價三元，電價漲三成，物價當然跟著暴漲。副總統蕭萬長和立法院長王金平聯手發難下，行政院才回應電價將採「緩和調漲，分段實施」，最後由馬總統出面滅火。

開徵證所稅的用意在於實踐社會公平，增加國庫收入，最後的方案決定個人開徵門檻為四百萬元，稅率為百分之十五至二十，行政院已將方案送進立法院，由於民間討論很多，立法院會有熱烈的爭論，但是站在稅公平的原則，開徵證所稅在社會上已經建立共識；只要立法院通過之後，就可據以實施。

至於十二年國教方案爭議更大，教育部已經提出了二十九項方案，以免試入學為主要的方向，還保留了「特色招生」，其目的在維持一些明星高中；明星高中如果驟然取消，家長和學生都會覺得可惜。明星高中的存廢就是十二年國教的盲點。本來十二年國教的目的在減低升學壓力，延長國民教育年限，是一個必須前進的方向，這是個「只許成功不許失敗的政策」。

馬總統的第二任期還沒開始，而新閣已經上路，為了拚「歷史定位」，馬總統才不憂讒畏譏的推動改革政策，雖然大方向是正確的，但是手段上難免有「過猛」的批評。針對這四大方案，立委就說：「同時開那麼多刀，病人受得了嗎？」四大方案是必須推動的，但是不必操之過急，否則社會經濟會起立即的反應。改革就像開刀，陣痛是必經的歷程，馬總統的改革大方向，仍然要堅持。