「不二法門」，是指超越相對、差別之平等、真理的教法。然而從《榖粱傳》僖公二十年記載：「南門者，法門也。」可知當時的法令自王宮的南門而出，所以南門稱法門。即知「法門」原意是指：王宮的南門。此後，為佛教沿用「法門」一詞，但意義已轉變為：指修行佛法的途徑或修行入道的門徑。

「不二」，是指超越相對、差別，不是兩個極端，即「非此非彼又即此即彼」，或是「眾生平等」、「自他平等」、「心佛平等」等關係。亦可視為佛教闡述世界萬物的方法與觀念。見《大乘義章》云：「言不二者，無異之謂也。」說明「一實之理，如如平等」，沒有彼此的分別，一切都是因緣和合，都是虛無、沒有相對性的。

是以「不二法門」，即指平等而無差異的至道，意為直接入道，不可言傳的法門。是因契入諸佛之教法，徹見真諦，悟入畢竟空性，與一切法空性融合一味，無二無別，即是所謂「入不二法門」。見《維摩詰經‧入不二法門品》：「於一切法，無言無說，無示無識，離諸問答，是為入不二法門。」就是指直接進入無所分別的絕對真理、離諸問答、不可言傳的法門。

經中還記載，先後有三十一位菩薩，各自闡述何謂「不二法門」，諸如消除生滅、垢淨、罪福，或說泯滅世出世間、生死涅槃等對立面；文殊菩薩則認為，「無言無說」才是「不二法門」。然而當文殊菩薩詢問維摩詰時，他卻「默然無言」。文殊菩薩歎其：無有文字語言，一默如雷的詮解，這才「是真入不二法門」！

事實上，三十二位菩薩所宣說的不二法門，就勝義諦而言並無差別﹐只是詮釋的方式有所不同。

佛法通說有八萬四千法門，以不二法門為最高境界。入得此門，也就達到了超越生死的涅槃境界。《大方廣佛華嚴經》卷五說「若於佛法中，其心隨平等，入不二法門，彼人難思議」，故知「不二法門」是指超越了一切是非、善惡等差別的相對境界，能得不可思議、無所分別的真理。

現今援引佛教「不二法門」一語，意義上已轉指學習某種學問技術唯一的方法；也比喻最好的或獨一無二的方法和訣竅。見梁啟超〈敬業與樂業〉所說：「我確信『敬業樂業』四個字，是人類生活的不二法門。」可見一般世俗的用法，與佛教修行證悟的境界已毫無關係了。