台大爆發誤植愛滋器官以來，外界最關注的是接受器官移植的病人是否遭感染，根據初步愛滋抗體檢驗，台大醫院四名病人都呈現陽性反應，感染科醫師大多研判，這種情況下很難不被感染。一旦確認感染，衛生署強調，將繼第一張十五萬元罰單後，再開出最重五十萬元的罰鍰，究責到底。

明快開出第一張十五萬元罰單後，衛生署究責台大、成大兩家醫院的腳步並未停歇，接下來若確認接受移植病人感染了愛滋病毒，將再依《醫療法》開罰，可處五萬元以上、五十萬元以下罰鍰，並可就違反規定的移植手術項目處一個月以上、一年以下停業。

衛生署醫事處長石崇良表示，病人是否感染愛滋病毒還言之過早，因移植器官帶病毒量極大，目前抗體反應究竟來自於捐贈器官或病人自身，難以區分，必須追蹤至少二個月，最長一年，才能下最終判斷。不過法律追溯期長達三年，醫院一定會受到懲處。

在看過台大內部檢討報告揭露的三大嚴重疏失後，石崇良直呼「空有層層把關的機制，未被落實也沒用」。這些全都違反既有的標準作業流程，台大誤將愛滋病毒感染者的器官用於移植，事證相當明確。

台大的第一個疏失，是檢驗師與協調人員在口頭溝通檢驗報告結果時的誤傳；第二個疏失，是協調人員在口頭記錄後，未二度上網或書面查核；第三個疏失，是移植小組的負責醫師，在移植手術前，未做整個報告的確認。

石崇良強調，專案調查小組預計二周內完成調查報告，就違反醫事法規者分別懲處，至於後續賠償及照護事宜，衛生署不會埋單，犯錯的台大醫院和成大醫院，必須負擔所有病人及家屬一切醫療費用和賠償金額，必要時不排除由衛生署聘請律師協助家屬求償。

石崇良說，兩家醫院必須在病人原諒、家屬諒解的前提下，提出照護和賠償計劃，如免費的終身醫療，若病患健康情況差，直接給予一筆賠償金也可以；兩家國立教學醫院高層是否應負責下台，尊重教育部對各自行政失職的人事異動處分。