世界衛生組織（WHO）內部文件將台灣定為中國的一省；馬總統親自公開向中共抗議，直指這是中共施壓的結果，並對世衛組織表裡不一的作為表示不能接受。馬總統的抗議雖嚴正的表達了我方主權的立場，但無可避免的兩岸多年來所累積的互信也遭到考驗，兩岸間實有必要藉此時機，就我方加入國際組織的相關問題進行協商，以強化雙邊的互信基礎。

馬總統在二○○八年就任後，兩岸關係有長足的進展，直航已經在各界多年的期盼下完成，去年雙方更簽定了兩岸經濟合作架構協議（ECFA）；兩岸間多項事務性的協商也透過六次江陳會談陸續推進。民間的互動更是頻密，陸客來台人次日有增長，自由行即將開放；第七屆兩岸經貿文化論壇日前才在成都閉幕。兩岸的往來互動形成一幅難得的榮景。

然而兩岸間似乎總隱藏著一股雙方都不敢碰觸的敏感紅線，只要一碰觸，所有的互信基礎就毀於一旦，這條紅線大家心知肚明，就是主權。爭議的關鍵就是主權問題，目前雙方之所以能和平進展的前提即在於擱置主權。這次世衛組織將台灣的地位設定為「中國台灣省」自然讓台灣民眾感到很受傷；因此馬總統說：「用這種方式傷害台灣人民感情，將不利於兩岸關係發展。」

這次世衛組織為何會發生如此「表裡不一」的情況呢？表面上讓我方衛生署長以「中華台北」的代表團名稱、「部長」的名義參加世界衛生大會（WHA），背地裡內部文件卻稱我方為「中國台灣省」。很可能的情況是：世衛組織內部文件是根據二○○五年雙邊簽定的備忘錄行文，當時兩岸關係十分不友善，與現在的情況完全不同，在這份備忘錄目前並未改約的情況下，作業人員也就沒有「與時俱進」了。

國民黨榮譽主席吳伯雄趁著參加兩岸經貿文化論壇之便正好在北京會見中共總書記胡錦濤，並就此案表達我方立場，胡錦濤表示：「對於台灣同外國開展民間性經濟文化往來的前景，可以視需要進一步協商。對於台灣參與國際組織活動問題，在不造成兩個中國、一中一台的前提下，可以通過兩岸務實協商做出合情合理的安排。」

台灣在無法進入聯合國的前提下，積極爭取加入國際組織，目的不在爭取中國的主權，也不是爭取台灣的獨立，而是在國際間發揮我們的影響力，盡身為國際一份子的義務。台灣在經濟文化甚至科技、醫療體制和技術都有很好的發展，這些經驗願和國際分享；台灣也需要得到國際的認同，加入國際組織可以使台灣的活動空間更寬廣，和國際的互動更順暢。

胡錦濤的說明已經非常明確，台灣參與國際組織可以透過協商的方式做合理的安排。國際間有許多組織不涉及到主權，我方應先行做好準備工作，哪些組織是我們急迫需要加入的，有關部門應適時提出與大陸方面協商。

兩岸的互信基礎薄弱，在不觸及主權的前提下，讓台灣多參加國際組織，不僅可以增強台灣的國際活動空間，更能強化兩岸的互信基礎；這次名稱事件正好提供兩岸就國際組織的議題進行協商的機會。