彰化雲林沿海一代，由於養殖漁塭與農田灌溉的淡水需求量大，島內既有水源供應量不足，長年仰賴抽取地下水為繼，導致嚴重地層下陷問題。嘉義縣的布袋，甚至在幾年前就出現部分地區路面消失在水平面下，電線杆豎立在水中的奇特景象。近日由於高鐵沿線經過上述地層下陷地區，高速運行對於沿線軌道精密度的要求，使得沿線的梁柱下陷程度監測格外重要，也因此使得部分沿海區域地層下陷問題再次被凸顯。

彰化、雲林、嘉義一代沿海的地層下陷問題，僅是整體台灣水文現況的一部分，事實上台灣地層下陷的區域已經接近全島面積的十分之一。由於部分地區地下水位仍舊逐年下降，除了沿海，甚至向內陸蔓延到部分山區。以此次高鐵雲林站附近的區域為例，從2008年開始監測到的數據顯示，每年下陷速度約達6.4到7.1公分，又以土庫鄉和元長鄉最為嚴重。

嘉義大學土木與水資源工程學系教授蔡東霖表示，部分沿海地區的地下水超抽，導致海水填補進地層中的含水層，除了破壞原本含水層中的平衡之外，部分區域的土壤特質會導致土壤鹽化的發生。以屏東地區為例，海水已經向內陸含水層滲透達九公里之譜，並仍以每年300到500公尺的速度繼續蔓延。

地層下陷的成因可分為自然與人為兩種，自然因素包括了地殼變動（火山爆發、造山運動）、天然外力（地震、隕石墜落）、海平面上升；人工因素包括了礦產採收（石油與天然氣的開採）、地下水抽取、地表載重增加（建築物興建）。

逢甲大學建設學院院長陳昶憲表示，由於地層中土壤的支撐，是透過砂石顆粒的堆砌與水分子所提供的承載力互相支撐，因此當地面上所給予的重量過重時，亦或者震動（例如：施作建築物、車輛經過震動）都可能導致地層些微下陷，皆可能是造成對於地層壓縮的原因之一。然而此類的外力，在地表下水文未被破壞之前，由於水分子會提供足夠的向上支撐力，因此影響所及不深。

但當地下水超抽，導致原本支撐土壤的水分子消失，土壤中的砂石間僅剩空氣時，受到同樣的地表重量與震動，空氣相對容易被擠出，所能提供的支撐力遠弱於水分子，產生所謂的壓密作用，若地層處於黏土層，下陷的情況即會較為嚴重。

地層下陷的區域由於地勢較為低漥，地層的壓密作用削弱地下水層的正常排水作用，大雨來臨時排水功能不彰會導致積水不退的現象，沿海地區則容易有海水倒灌之虞。此外，建築物、橋梁、電塔等基柱，地下水道與管線（瓦斯、電力）等基礎建設，也可能因為地底應力結構的改變，被擠壓破壞，或失去原有的支撐力。海水入侵地下水層所造成的地下水鹹化，將對土壤產生質變，影響農作物的生長。

解決地層下陷問題，蔡東霖表示，目前所採取的策略除了防止地下水超抽，更治本的方式為考量整體水土資源運用的合理性，必須對於地層下陷區域的土地與水資源利用有通盤的規畫，對於抽取地下水相關產業提供水資源運用輔導工作，單純禁止地下水超抽並無法真正解決相關產業的水資源供需問題。