這是由於病毒的結構與感染的方式所致。病毒是一種非細胞形態的微生物，它體積小，小到高倍數的光學顯微鏡也看不到，只能用電子顯微鏡才能觀察到。它無細胞器，由基因組核酸和蛋白質外殼組成。基因組僅含一種類型的核酸，或者是核糖核酸（RNA）或者是脫氧核糖核酸（RNA）。在感染後的生存方式上，病毒是非細胞微生物，缺乏完整的←系統，不能獨立進行代謝活動，因而不能像細菌一樣進行自我繁殖。病毒感染後，先進入人體血液內，形成病毒血症。隨後只能嚴格地寄生在人體靶細胞內，利用細胞的生物合成機器進行自身的複製並釋放子代病毒。換言之，病毒只有進入了活細胞內才能生存和複製，此時只要能識別病毒並能區分哪些是被感染細胞，哪些是健康細胞，把病毒和被感染細胞殺死就能把病治好。但到目前為止，現有的合成藥物和治療方法還不具備這種識別和區分功能，又不可能把人體所有細胞都殺死。

同時，病毒極強的變異性也是醫學手段對待病毒感染的一大難題。世界衛生組織每年都要根據全球情況推薦代表性病毒毒株，但是生產的疫苗只能針對一種病毒發揮作用，因此即使接種了疫苗，也無法抵禦其他類型的病毒，病毒性疾病難治就不言而喻了。