馬總統決定在法務部下設廉政署，賦予司法調查權，專責肅貪防貪工作。馬總統強調：「我有決心，我有非常大的決心要建立乾淨政府！」政府有決心，還必須人民有信心，才可能使廉政署發揮效力。

人民最痛恨的就是貪官汙吏，歷史上朝起朝落的革命起義，大多緣於官逼民反；在歷史小說中描述的仗義行俠之士也泰半以朝廷貪官為打擊對象，可見貪官汙吏是善良百姓的天敵。可是時至今日民主時代，貪風依舊，只是換了不同手法而已。

廉政署的設立一方面是為了建立清廉政府的形象，另一方面則是讓守法的百姓能夠安居樂業，在民主國家，按理說公務人員還要靠索賄才願意給民眾方便，根本違背民主正義的法則在行事，不僅是公職人員的恥辱，也是現代國家的恥辱。

在道德觀念已經完全沒有約束力的現在，靠道德勸說是緣木求魚，常見的是「大官大貪、小官小貪」。貪腐幾乎涵蓋了政府的每一個層面。從前總統陳水扁的貪汙案到拉法葉案，就是最高層級的大宗貪腐案，最近爆發的高院法官貪瀆案就是負責司法的人員率先違法，至於其他各局處公務人員，尤其是負責審查公司行號、建築執照、稅務的公職人員和警界人員，傳聞中更有集體分贓的陋習。

立法院和法務部很早就規畫要仿照新加坡和香港設立廉政署，法務部也提出草案送到立法院審議，但是因為目前法務部下已經設有調查局，職司肅貪的業務，而且在各機關都設有政風室，近年更成立特偵組，負責辦大案；廉政署的設置只是疊床架屋而已，法案遂宣告無疾而終。

近年來貪腐的風氣不但沒有改善，反而變本加厲，可見調查局和現行的司法體系對於打擊貪官汙吏根本無能為力。調查局歸法務部指揮，法務部長和調查局長都是總統人馬，總統貪瀆，調查局長先將資料提供總統解套，葉盛茂就是這樣助長扁總統的貪腐，這樣的機制能有什麼作為？

因此有人建議應該將廉政署設在監察院而不是在法務部底下，也有人認為應該仿照星港直屬行政院長或總統，馬總統認為這樣會打亂以檢察官為主體的偵察制度；至於疊床架屋的問題，馬總統認為廉政署和檢調能夠形成交叉火網。然而，不論設在那裡或有多少肅貪機制，能真正發揮肅貪功能才有意義。如今將法務部所屬政風司等單位納入廉政署，仍是原班人馬，由舊人任新政，只是換個招牌就能改頭換面，又廉潔又有效率嗎？

香港的廉政公署是獨立的，直屬行政長官，它本身有監督和制衡的機制，市民就是他們的反貪夥伴，設執行處、防貪處、社區關係處三個處，其中防貪處在平常以各種手段減少、防範可能貪汙的情況發生，社區關係處則做好教育和宣導工作，包括對商家的誠信宣傳以及中學生的道德教育。可見這是平常而全面性的工作。

肅貪的成敗在政府的決心，從上到下雷厲風行，廉政署先辦幾個大案，相信大官小官都不敢貪，民眾對廉政署產生信心之後，就勇於陳情申訴，相輔相成下，肅貪才有成效。