三棧國小位於花蓮縣秀林鄉北方，東邊和北邊瀕臨太平洋，境內幾乎全是高聳入雲的高山，面積占了花蓮縣三分之一，是全省最大的山地鄉，擁有聞名世界的太魯閣國家公園。

花蓮縣秀林鄉民在台灣原住民中是屬於「賽德克亞族」，是泰雅族的一支。有三個住在高山的同族群落：「德固達雅」（Tekdaya）、「德魯固」（Truku）、「德烏達」（Teuda），皆以地名稱呼。自九十三年三月「德魯固」（Truku）發起正名運動成功，正式成為台灣原住民族第十二族，即太魯閣族（Truku）。

三棧國小，民國四十七年為花蓮縣秀林國民學校分校，民國四十八年改隸花蓮縣景美國民學校分校，民國五十年奉准獨立，民國五十七年改制為花蓮縣三棧國民小學。

三棧國小校長張素蓮表示：三棧部落的族人在未遷居山下時，原居地稱作「布拉旦」（Pladan），所以為增進三棧國小師生及社區對學校認同、促成布拉旦部落團結、和諧，特以部落歷史發展及族群文化，為校徽圖騰設計主軸。於民國九十二年四月十四日辦理校徽設計競賽，將前三名佳作（烏納鞥．旮劭、 林麗花、 莊佳生）重新融合繪製完成。

三棧國小校徽圖騰上方，四個異色錐狀山脈，代表三棧國小學區位在深山裡的四個部落。山腳下藍色分叉溪流，代表三棧北溪及南溪，兩溪流域盛產「毛蟹」。圓周下圍，由中央向左右兩旁，逐次縮小的「菱形」，象徵太魯閣族祖靈的雙眼，正注視著莘莘學子，提醒勿忘祖先遺訓，才能得到護佑。紅色楷書校名鑲嵌上方圓周外圍，寓校譽昌隆之意。

三棧國小校徽揭櫫學校的三大願景：山頭兩個紋面圖像（男左女右），用以紀念太魯閣族先人，蓽路藍縷，以啟山林「勇敢」奮鬥，建立家園的精神。圓形象徵學校不分族群，和睦相處，彼此尊重，共同學習，校園處處洋溢「活力」和「創意」的氣象。