對於是否設立「廉政署」爭議已久，馬英九總統擔任法務部長時，曾提出引進廉政署的理念，兩千年大選時承諾上任兩年後決定是否成立廉政署。

法務部過去民調，有七成五民眾贊成設立廉政署，已為全民共識，不知為何馬總統還要有「上任兩年後決定」的自我設限？如今行政院終於決定一周內將宣布修法設立「廉政署」。

民進黨執政時，法務部長陳定南也曾到香港、新加坡參訪廉政公署，提出《法務部廉政署組織條例草案》，但一直被阻於立法院程序委員會，無法排入審查，因「與調查局功能重疊」。草案從民國九十五年、立法院第六屆開始叩關，卻年年失利，在野的國民黨擋了二十六次。理由是，台灣社會對執政黨干預司法的疑慮未除，廉政公署的設立只是疊床架屋，完全無法發揮應有功效。從當時國民黨的說法看來，是不相信民進黨執政下的司法公信力，如今國民黨執政，障礙為何仍未解除？

馬總統即使有「兩年承諾」，去年接受新加坡媒體訪問仍說，「沒有必要成立貪汙調查局或廉政公署，因為調查局已扮演同樣角色。」馬總統的理由認為台灣是大陸法系，檢察官主導一切，即使成立貪汙調查局或廉政公署，仍要接受檢察官指揮。

現有政風系統沒有司法調查權，成立廉政署後，調查權恐將與調查局權限衝突。但設立廉政署已在國內討論十餘年，利弊得失都已提出，牽涉的公務機關雖持反對意見，但民調多表支持，就看決策者是否真要廉能施政，展現決心。

清廉招牌向來是馬政府賣點，但去年香港一項調查指出，台灣清廉度落後給大陸，讓政府顏面無光。近來，政府內部更接連爆出重大弊案，除了軍中賣官、警紀蕩然，特偵組查辦司法官集體貪瀆案，何智輝竟還能落跑！行政、司法、立法部門弊端叢生，莫不由知法者玩法、弄法所致，類此貪官在公部門、司法系統存在已久，恣意弄權、敗壞風紀，甚至官官相護。清廉招牌已染黑，調查系統職權衝突的「藉口」，實已不能再用來阻擋廉政署成立。

推動廉政署成立，是司法改革的重要一步。聯合國反貪腐公約，要求各國應設有一或多個機構，或安排專職人員打擊腐敗，這類機構或人員應依法律具有獨立性，俾其不受不正當影響，有效地執行反貪腐工作。

香港在廉政公署成立前，曾爆發知名的雷洛警官貪瀆案；成立後，全力肅貪、反貪、防貪，績效卓著。香港、新加坡等設有廉政專責機構的亞洲國家，都成為國際上政府清廉排名前幾名，足堪借鏡。政府組織再造的目的在於再造後的肅貪、反貪、防貪，成為清廉政府；多年來「因小失大」，無論在野在朝的國民黨都難辭其咎。

馬政府執政兩年，即使兩岸關係獲得改善，民調支持度卻始終低盪，如何在內政方面爭取民心，成立廉政署將是重要一步。