新流感造成全國破千班級輪流停課，不過許多家長與師生指出，生病的學生就像感冒一樣，症狀並不嚴重，紛紛質問：「有需要全班停課嗎？」不過流行病學專家呼籲，防疫是在疾病沒有大規模爆發之前介入，讓人感覺不到疾病的威脅，就是成功的公共衛生政策。

台北醫學大學公共衛生學系教授邱弘毅表示，國內的停課標準雖然嚴格，但目前看來的確達到效果，所以讓民眾認為「大驚小怪」，但當初如果沒有這樣的措施，今日的疫情控制可能不會這麼順利。

成大醫院副院長蘇益仁指出，防疫措施有時候是一種選擇，政府也可以讓所有作息均照常進行，但前提是感染者要有藥可治療，國內因為沒有足夠存量的克流感，所以採取停課的措施避免大規模感染；因此，當學生族群施打疫苗產生保護力後，停課的必要性就會降低。

對於各縣市有不同停課標準，可能是停課數暴增的原因，疾病管制局副局長周志浩表示，中央的標準從頭到尾都一致，就是「三天內、一個班級中有兩名學生在校內出現流感症狀、停課五天」，各校如果對於是否符合停課的判斷有疑慮，應該向縣市衛生局與教育局反應。

對於為了規避補課困擾而隱瞞症狀的家長與學生，邱弘毅認為，除了應該加強正確的宣導觀念，教育部也應該對補課訂出明確配套措施，讓向來習於遵從命令行事的師範體系得以依循，另一方面補課的彈性也應該放寬，避免讓補課成為困擾。