非營利組織（NPO）又稱非政府組織（NGO）、公益團體或民間團體，顧名思義是有別於政府和企業的「第三部門」，不以營利、而以服務為宗旨的單位，主要彌補政府功能的不足；雖然政府應該負責災害救難與重建，但往往趕不上民間團體的速度與專業，而民間團體也只期待「政府統一做調度，執行就交給他們。」

司法改革基金會執行長林峯正無奈地說：「究竟是誰把『依法辦理』弄得如此惡名昭彰？法律應是保護人，而不是阻礙弱勢團體受益。」

台灣原住民族政策協會陳旻園指出，八八水災災區的狀況最能佐證「依法辦理」的弊病，例如水患後，借住親友家而不待在收容中心的人不能算災民，不能領救濟金；林峯正也舉例，地方政府宣布，凡是乘坐直升機出來的災民，證明他們「身無分文」，所以能領到零用金，有原住民就想辦法回到災區再搭直升機出來，這就是「依法辦理」惹的禍。

關於政府與民間團體如何各司其職，把效益發揮到最大，民間團體認為，雙方應以災民為重，而不考慮到「職責」與「面子」，例如善願愛心基金會在水患發生後，發現僅有物資援助，沒有殮葬服務，就帶著志工要為罹難者提供免費全套殮葬，卻以「這是地方政府該做的」理由婉拒；而宗教團體也在NGO範疇，他們安排的收容所比軍營舒適，卻無法持續服務。

林峯正認為，政府部門的官僚體制，弊病由來已久，所以更需要NGO輔助；而NGO是監督、輔佐，不是抗衡，更非「讓政府補助民間團體經費，卻反過來砸自己的腳」，NGO能比政府運作更有彈性，政府應妥善運用，達到雙贏局面。