莫拉克水災造成的影響如同九二一和四川地震，人民像佛光山開山星雲大師所說：「在急難時，台灣人的信心和愛心立即展現，給予未來的希望。」台灣公益團體自律聯盟認為，台灣人對於亂象，應該重視，但仍要呼籲：「為了大局著想，應做一個聰明的捐款者，也避免九二一捐款的後遺症重蹈覆轍。」

台灣公益團體自律聯盟秘書長張宏林表示，九二一地震災後善款四十多億，其中大部分資金仍無法使用，就連物資也還有剩餘，原因就在「最初民眾捐款時，沒有明確指出善款用途，收受善款的組織也未提出清楚計畫。」他認為，天災出現時，人民自然容易發揮同理心，但公益團體並不希望大家「感性捐款」，反而更該在這時候「理智一點」。

張宏林舉例，以民眾的權益來說，假使民眾當初指定將善款捐贈給某團體作「地震賑災」用，即使有剩餘款，卻受法令限制，不能轉移於「水災賑災」；遇災時，分第一階段的「物資支援」和第二階段的「災後重建」，他質疑：「如果公益團體不能詳細描述清楚捐贈對象和使用方式，而以盡力分配來做，那麼愛心就無法發揮到最好的效益。」

他呼籲，公益團體不該以「先募集到資金為首要考量」，而該「具體提出救援計畫」，避免九二一災後重建資金難妥善運用的覆轍；聯盟建議：「捐款應細水長流，根據每階段、各項目做定期捐款，否則法令將成為愛心支援的阻礙。」

另外，每逢重大天災出現，全台公益團體的資源就有分配不均的現象，如莫拉克造成的水災一發生，捐款都流向災區，至善基金會就說，上周對外發布的認養越南貧童及幼兒教育計畫的效益都化為「零」；桃園縣私立脊髓損傷潛能發展中心的每日捐款也降百分之九十九點五，估計其他公益團體損失更多。台灣公益團體自律聯盟希望民眾了解供需情況，再決定最適宜的捐助方式。