上述，以止觀善巧安心，則能開發定慧。假使在修止觀中，不能與止觀相應，就是有執著障礙的緣故，這時，就必須破除障礙，故有「破法遍」章。

「破法遍者」：法性本自清淨，言語道斷，心行處滅，並無所謂破與不破。現在說明「破法遍」，是針對眾生的顛倒而說的。

因眾生有顛倒妄想，則須運用定與慧來消除障礙。由此可知，破法遍乃是針對眾生的顛倒執著而破之。

在《摩訶止觀》中，破除眾生的顛倒，首先以次第三觀從豎破、橫破來破除識陰的執著，然後再以一心三觀破之。此外，又從其它的四陰（色、受、想、行）、十二入、十八界等，來加以破執。

　因此，可知所破的對象，是遍破一切所有的偏執，而歸結於一切法，無一不是即空、即假、即中的不思議三諦、三觀。由於妙法難解，眾生未能以一心三觀修之，故分別三觀來一一破執。

現依《摩訶止觀》的「破法遍」內容，說明智顗大師的組織層次。「破法遍」，是破除修持定慧中的障礙；但破除法執中，首先，依教、行、智、理四門來說明：

教門：以文字為門，即《摩訶般若波羅蜜經》所說的四十二字門。此四十二字門，據《大智度論》卷四十八說，此四十二字係一切文字之根本，因字有語，因語有名，因名有義，菩薩若聞字，因字乃能了其義。從最初的阿字到最後的荼字，共四十二字，乃具足一切諸法。

觀門：以觀行為門；即《大智度論》所說的菩薩修各種法門的三昧，能通達諸法實相。

智門：以智慧為門；即是指《法華經》所言的四佛知見；因佛的智慧，眾生難解難入故。

理門：以理為門；即《摩訶般若波羅蜜經》所說的無生法，無所謂來與去，就是佛。

依教門能通達觀行門，依觀行門能通達智慧門，依智慧門能通達義理門。義理門乃教門、行門、智門之所依，能依、所依究竟遍通，是為妙門也。