由聯合國糧農組織和經濟合作暨發展組織聯合撰寫的報告提出警告說，世界未來十年對生質燃料的日益依賴，將可能使貧窮國家的糧食價格高漲，而生質燃料所造成的環境破壞，更值得重視。 　

生質燃料一度是對抗氣候暖化的希望，因為燃燒起來較礦石燃料乾淨，但「科學」期刊研究報告卻發現，利用種植在熱帶低地森林開墾地的棕櫚油製造生質柴油，這種開墾泥炭地所形成的碳債，遠比任何生態體系破壞還要龐大。

二○○六年十月公布的氣候變遷經濟影響評估，估計砍伐森林以及各種土地使用變遷，引發全世界一成八的溫室氣體排放，換句話說，生質燃油的使用加速整個溫室氣體排放的過程。

糧農組織也發現，利用玉米、糖、大豆與油棕等糧食作物製成的生質燃料，雖滿足工業需求，卻造成糧價上漲，威脅貧窮人口的生存。統計數字指出，自二○○六年十一月至二○○七年十一月，玉米期貨價格漲幅四成六，小麥漲幅五成六，黃豆漲幅四成五，使得低所得者無法買到足夠食物，造成前所未有的全球糧食危機。

許多研究報告顯示，生質燃料因供需失衡造成糧價高漲，使用的肥料、農藥，也嚴重污染土壤及水資源，似乎惡化人類的生存危機。

如何在推動生質燃料過程中，取得環保與生存的平衡，有人建議採用痳瘋樹提供油脂，因為痳瘋樹不但產油效率佳，且可在貧瘠缺水的環境生存；或利用廢棄物（如廢油），在環保及道德上爭議性較少，但如何回收及解決不純的技術問題，有待克服。

人類為了解決能源危機，反而製造了另一個危機，為了環保反而更不環保，生質燃料問題給我們的啟示是，對於拯救地球生存的問題，我們似乎還需要有更多思考與學習。