歸仁鄉北與永康、新化接壤，東鄰關廟、西接永康、仁德，南以二仁溪與高雄縣阿蓮鄉為界，中部有支流「許縣溪」橫貫東西鄉境，明鄭接管後，招撫台南一帶各平埔部落「歸」化為明鄭子民，漢人開始入墾，官方把這一帶行政區劃為「歸仁里」。
清乾隆以後人口大增，新聚落紛紛出現，清乾隆二十七年至三十年台灣輿圖（故宮典藏）已經繪出本鄉聚落有：「上埤頭店、下中洲（今中洲、中生）」等村。還有一處軍事駐紮地「鹽水埔汛」：安外委一員，帶兵二十名，「鹽水埔汛」至「大湖汛」十里。
日據時期把「南堡、搖琴館、六甲」等地，合併為「歸仁南莊」。又把「後市仔、許羅厝、楊厝、看東厝、紅瓦厝、辜厝、西勢仔」合併稱「歸仁北莊」。一九四五年台灣光復後，行政區重新劃分，又恢復明鄭時期的老地名「歸仁里」，稱為「歸仁」鄉，具有
「復古」風味。
現在的歸仁鄉，北部有大廟村、媽廟村、媽廟農地重劃區，往南有七甲村，和八甲重劃地。中部為鄉公所街區核心帶，仍保存許多鄉土地名，如「做豆腐仔、榕樹下、許厝村」等等。
西南邊有成功大學的「航空太空實驗場」，位居「六甲溪」和「二甲溪」交會帶（武東村附近），明德新村北側還有「台南監獄」。中部東側「沙崙」平安宮一帶有「世界武學聯合總會」、西南端有「私立長榮管理學院」，也設在本鄉，呈現多元發展。南部大潭村有「台糖北沙崙農場」，台南市區域垃圾掩埋處理中心，由於八十六號「東西向快速道路」預定通過這一帶，使偏遠郊區開始有新的發展趨勢。