大選結束，民進黨不但拿下總統大位，國會也單獨過半。馬總統立即向總統當選人蔡英文拋出多數黨組閣的議題。但蔡英文基於憲政慣例，認為沒有這樣的空間，僅成立交接工作小組，希望馬政府在看守期間能夠嚴守憲政分際。而閣揆毛治國卻請辭之後請假，不接受慰留，且拒絕與馬總統見面，外界批評「毛揆神隱」有違行政倫理，「內閣放空」更涉憲政危機。在此過渡期間，行政院仍應堅守崗位。

依憲法規定，總統任期至五月二十日，但新國會即將上任，新的民意已經產生。馬總統基於政治現實，希望蔡英文能考慮由多數黨組閣，等到五月二十日以後可以順利接手。但蔡英文沒有接受，因還是馬總統的任內，做好或做不好，責任都很難歸屬。這四個月的空窗期的確是個大問題，政務不能空轉，但又不能有太大作為，新舊政府可以等，但是人民不能等。

馬總統在選情慘敗和民調低迷的情況下形同跛腳，難有作為。原本拋出多數黨組閣的用意，是希望政務能夠在新民意產生之後，還能持續運作。主要的構想包括，總統仍然掌有憲法所賦予的國防、外交和兩岸的權力，其他內政等部會首長完全交由新政府主導。但是這樣的提議一樣是把政府的權力切割，權責很難分清楚，更何況政府本是一體，各部會之間的運作有縱向橫向的互動，無法一刀兩段。

既然跛腳的馬總統和挾著新民意的蔡總統沒有共識，就必須由馬總統全權擔起看守內閣的責任。依照常理，內閣總辭之後必須等待總統批准，即使沒有留任的意願也必須和總統溝通，有一個結果之後才能走人，毛揆這樣一走了之的行為民主國家所少見。目前，行政院已由副院長張善政暫時代理職務，不至於群龍無首，但總統必須有所處置。

比較可行的方式就是在二月一日新國會產生之後，提出新的閣揆。這個閣揆當然不能與新民意違逆，也就是必須要新的立法院都能接受的人選，否則到立法院作施政報告，也會遭到杯葛。反過來看，由於新當選總統不願意在此刻接手，當馬總統於二月提出新閣揆時，蔡英文必須節制黨內的立委同志，不得惡意杯葛，否則藍綠新一階段的惡鬥將從二月的新國會就任就揭開序幕。在選前各方都揚言要終止藍綠惡鬥的當下，如果各方依然堅持己見，不肯退讓，藍綠惡鬥終無止息的一天。

經過這次大選，政黨輪替已經成為台灣民主政治的常態，憲政秩序必須維護，憲法沒有明確規定的制度，則要在朝野友善的互動下，建立憲政慣例。

在內閣看守的空窗期，雖然多數黨組閣的提議沒有被採納，但是看守內閣堅守崗位，多數黨不惡意杯葛，也是一個好的憲政慣例。過去國民黨一黨獨大時代，總統大選過後，政黨沒有輪替時，依然有內閣總辭的看守期間，政務還是可以正常運作。這次的情況也是如此，不同的是朝野必須自我節制，互相尊重，建立往後可以依循的憲政慣例。