櫻花鉤吻鮭是台灣珍貴的特有亞種鮭魚，生長於封閉的陸地河川中，和一般沿海潮而迴游的海洋鮭魚大不同。學界研究認為，台灣溪流裡的鮭魚原本也從大海來回溯河，生生不息，但到第三世紀冰河期末地殼劇烈升降，地形隆起、河川變短急，使櫻花鉤吻鮭回不去大海。

全台只有大甲溪保存了櫻花鉤吻鮭的生活環境，谷關到德基水庫中間所形成的斷層，阻止櫻花鉤吻鮭迴游大海。於是牠不但成為陸封性鮭魚，更是北半球緯度最南的鮭魚。

一九八五年農委會保育科開始保護、研究、復育與流放工作，一九九四年雪霸國家公園管理處則擬定「櫻花鉤吻鮭保育計劃」。櫻花鉤吻鮭的復育主要是捕捉種魚取卵，進行人工培育後再放流，放流區為大甲溪的各主要支流。二○○二年曾經一度超過四千尾，但由於天氣與環境破壞，目前數量約僅有近八百尾。