馬英九因特別費案遭檢察官提起公訴。雖然並非完全出乎預料之外，但相較於阿扁因國務機要費被起訴的情況，其中有些不公之處。

陳瑞仁檢察官對扁嫂提起公訴，主要針對需要撿據報銷的其中一半國務機要費，充斥著假發票的情況。但對國務機要費的另一半，則選擇聽取阿扁總統片面之詞，把它當成特別費來處理，毋庸撿據報銷，也沒查辨。

法諺有云，「相同的事情，應該相同處理；而不同的事情，應該不同處理」，這就是所謂的平等原則。雖然陳瑞仁檢察官與侯寬仁檢察官，是不同人，但基於「檢察一體」的原則，如果兩者標準不一，那麼就司法的公信力而言，勢必構成極大傷害。假設馬英九因特別費涉嫌貪瀆，那麼仔細查查阿扁總統未被起訴的另一半國務機要費，其中說不定也大有文章。

若因為制度上的緣故而誘「官」入罪，檢察官也不察，難免悖逆社會實際的情況。而不食人間煙火的檢察官，其起訴書也可能與社會現實有極大的差異。