監察委員葉耀鵬、趙昌平認為軍審法修正後，各界對林毅夫案適用的看法不同，將約詢法務部、高檢署檢察官與國防部官員，重新表示法律意見，並不排除要求大法官解釋。

　林毅夫當年在金門擔任連長，叛逃至大陸，遭軍方以投敵罪通緝，經三十五年過去，追訴時效是否已失？部分藍綠立委認為，軍人叛國不該有時效性。

　從人道考量，軍方同意林毅夫有權返國，但必須為所犯案件負法律責任。林毅夫之外，投敵犯尚有駕機投奔大陸的前空軍飛官黃植誠、林賢順等人。近年他們屢次透過台灣媒體，表達希望回台探親的意願。

　林毅夫案複雜，純以司法而論，有人主張是「既成犯」，因投敵行為在當年就完成，追訴時效早已過了。國防部則多次強調，林投敵後持續積極參與共黨組織活動，屬「繼續犯」。

　以兩岸關係論，動員戡亂時期已結束，中共在「法律上」不再是叛亂團體，但仍屬陸海空軍刑法所定的「敵人」。部分人鼓吹建立軍事互信機制，去年國防部舉北韓為例，指其動輒揚言退出、撕毀停戰協定；「在聯合國監督下尚且如此，遑論缺乏政治互信的兩岸，因此不宜冒進。」

　林毅夫投敵行為持續中，即因兩岸在「軍事上」仍為敵對狀態。但葉、趙兩位監委早在民國九十八年間即曾糾正國防部，並無結論。

　過去台商曾被視為「通敵」，直到政府宣示「政經分離」。中共若是敵人，兩岸不會簽訂經貿交流協議；中共多位高官來訪，非但未依敵人逮捕，反獲高規格接待，顯然是友非敵。因此，如何重新定義大陸這個是敵是友有討論空間。

　林毅夫「繼續投敵叛逃」，是國防部認定，若軍法、司法對法律見解有出入，會對軍人的核心價值產生影響；如果具有指標性質的林毅夫案鬆動，其他通緝個案都將連帶放寬，撼動國家安全防線。也有人主張「面對投敵者，法律不能有折扣」。

　近來募兵制推動不易，被歸咎於「不知為何而戰，為誰而戰」；原因即是一向被視為「敵人」的中國大陸，因兩岸交流頻繁，大陸頻頻釋出善意，「敵人」角色早已模糊。但大陸對準台灣的導彈仍「備而不用」，使軍方不敢稍有懈怠，更給予台灣部分人士以口實。

　一九八一年駕機叛逃的黃植誠，後來晉升解放軍少將，雖已卸任，但因任政協委員，迄今仍具有解放軍身分，繼續被追緝。

　黃植誠說：「我已垂垂老矣，希望兩岸都能向前看，兩岸關係能持續和平發展。」

　兩岸關係不同於南北韓的劍拔弩張，大陸也沒有像北韓金正恩這樣少年輕狂、喜怒無常的領導人。「馬習會」的風聲已放出，無論馬總統能否出席在北京舉行的亞太經合會，漢賊不兩立的時代早已過去，冤家（敵我）宜解不宜結。

　謝長廷擔任行政院長時主張「和解共生」，雖是針對藍綠兩黨而言，但放大至兩岸關係來看，其理亦同。林毅夫案如何解決，端賴「投敵」問題是否能如黃植誠所言，從大格局著眼，朝和平方向發展。