宋哲宗紹聖元年（西元一○九四年）蘇東坡在赴英州途中，朝廷又三傳謫令，將他再一次貶為寧遠軍節度副使，在惠州（今廣東惠陽）安置。他知道，以章惇為代表的政敵們要置他於死地了，他沒有抱多大返還的希望，帶著小兒子蘇過和侍妾王朝雲一起前往。

蘇東坡在惠州定居後，蓋了一所房子，取名為「白鶴居」，以作終老的打算。而被朝廷貶謫的命官，是沒有多少實際工作的。於是，他相對的關心起農民，他把在黃州的新型農具「秧馬」，推廣應用到嶺南。

在當時，黃州是生產水平相對發達的地區，而「秧馬」在當地又是一種比較先進的插秧工具，操作的人可以坐在上面勞動，只需用雙腳推動「秧馬」行進，一邊走動，一邊插秧，省時又省力，這在當時是很了不起的。起初，惠州農民們對這新玩藝有所顧慮，但蘇東坡反復勸說，農民採用了它，這項工作澤被後世，廣受民眾的讚譽。

然而，就在他與家人剛剛團聚不久，紹聖四年（西元一○九七年），他又接到朝廷誥命，再一次被流放，責授瓊州（今海南省海口市）別駕，在昌化軍（今海南省儋州市）安置。

那時的海南島還是成片的蠻荒之地，當地居民大都是黎族人，僅在北部海岸有少數漢人居住。其實，哲宗元佑年間，大臣中有數百人是受迫害折磨的，可是，只有蘇東坡一個人被貶到這裡來。

面對如此命運，他沒有怨天尤人，還是笑對人生，當地的黎人祖輩懶於耕種，以打獵為生，蘇東坡就勸黎族人民改變殺牛的習慣，將牛飼養起來，用以耕種田地。同時，他還勸說他們積極墾荒，在種植傳統的沉水香等經濟作物外，也種植稻、麥、菽、粟等糧食作物自給自足，這樣就打破了對大陸內地糧食的依賴，保證了食用無虞。蘇東坡還幫助他們改進農具，選擇作物的種子，在一定程度上改變了當地百姓的耕作習慣，可以說，在改善百姓生活水平的同時，也促進了地方的經濟發展。

蘇東坡見到當地百姓常年飲用的是從海灘上收取的積水，既鹹澀，又容易致病。於是，他四處探勘，並親自帶領鄉民挖井，找到了甘甜的清水，從而徹底改變了當地人的飲水狀況和衛生習慣，後來當地人民把這口井親切的稱為「東坡井」。

除此，他又值遇當地疾疫流行，由於缺少醫學常識的人民多是請術士看病，或以殺牛祭神來驅除病魔。為改變這種陋習，蘇東坡經常到鄉野採藥，對藥物進行研究，自製成草藥，還為百姓開方治病。他還特地從廣州知州王敏仲處索來黑豆，製成清涼解毒的中藥——淡豆豉。從此，人們紛紛種植這種黑豆，並稱之為「東坡黑豆」。