現今的植物分子農場除了可以應用在生產醫療成分外，伴隨著人口壓力帶來的糧食危機，部分學者即認為「基因改造作物」可以是解決糧食危機的可行方法之一，但亦有人認為未知風險過大，究竟基因轉殖作物在我們生活中會帶來什麼影響？抑或面臨哪些挑戰？

我們常聽到的基改作物，其實應用最多的是利用外源基因增加了植物對環境的耐受性。如能耐除草劑的黃豆和抗蟲棉花；國內第一個基因轉殖作物—木瓜，更是可抗輪點病毒的轉殖水果。這類的基改作物可減少農藥及除草劑的使用，同時也是一種能幫助維持小型農場傳統的方法。

另一方面，科學家亦致力培育抗旱轉殖植物，以因應水源不足問題。另一類基改作物則是改變食用作物的營養成分。「黃金米」可能是這類最為人熟知的研究，科學家分別將黃水仙歐文氏菌基因轉入水稻，藉以提高稻米中β胡蘿蔔素的含量，人體即可透過食用稻米攝取並轉換成維生素A，進而免於失明和容易腹瀉的問題。國內另一個知名例子則是中央研究院研發出來的「甜甜米」，學者利用枯草桿菌中的耐熱澱粉水解酵素轉殖至水稻，使其在高溫時能分解澱粉提高米飯甜度。

基改作物應用雖廣，但仍有許多學者呼籲其可能潛在的問題，如外源基因與蛋白質可能對人體有害、操作過程中有微生物的導入、破壞生態多樣性和市場價格等，故認為基改作物在未知風險尚未釐清前，不應冒然投入和鼓吹。但不置可否地，基因轉殖是「育種技術」上的一大突破和成就，但如何在基因革命風潮下設計出更安全、更有效的基因轉殖作物，則待專家學者和政府用智慧來解答。