我國與日本簽訂台日投資協議，是台灣另一參與區域經濟整合的重要動作；這是我國與日本自一九七二年斷交後最重要協議，台日企業除了推動彼此交流，也可以共同開發大陸市場，各方都能獲利。

日本是我國的最大進口國，對台直接投資超過一百億美元。簽署投資協議，日本選擇自台灣進入大陸市場，就是看上我們與大陸簽署ＥＣＦＡ後，早收清單裡，執行了降稅與免稅的期程，能提供更優惠的貿易機會。

有立委質疑政府過度吹噓ＥＣＦＡ，說一年半前政府聲稱ＥＣＦＡ是萬靈丹，他擔心是一場災難。行政院長吳敦義表示，政府沒有說簽ＥＣＦＡ就百毒不侵，但沒有ＥＣＦＡ，今天面臨嚴峻的國際經濟局勢，情況可能會更壞。經建會主委劉憶如說，去年海外投資成長百分之三十二，是因很多國家看到台灣有了ＥＣＦＡ，知道台灣是最好的策略結盟夥伴。

對台日簽署投資協議，民進黨發布標題為「馬總統說日本看中ＥＣＦＡ好處」、「馬總統倒果為因」的新聞，指稱日本憂慮台灣經濟過度傾中，希望藉由簽訂投資協議拉住台灣。

這種說法似是而非。台日投資協議是台灣和日本雙方的關係，日本考量的當然是自身的經貿利益，和第三者有何關聯？只是與台灣簽署投資協議，如何能拉住台灣「過度往大陸傾斜」？顯然有違國際經濟常識。而日本為何要憂慮兩岸經濟關係改善？為何不是利用台灣的優勢條件前往大陸？

依民進黨所稱，馬總統表示「因」是ＥＣＦＡ的好處，「果」是台日投資協議，民進黨批評這是倒果為因，就表示他們認為台日投資協議才是「因」，ＥＣＦＡ為「果」。但台日投資協議在ＥＣＦＡ之後簽署，怎麼台日投資協議會變成「因」？總統大選在即，台日簽署投資協議，對爭取連任的馬英九具有加分作用。民進黨的邏輯不通，用意應是在貶低台日投資協議的重要性，是一種選舉策略的操作。

民進黨認為，台日雙方投資障礙本來就很低，我們的經濟產業結構跟日本有非常好的整合，日本也曾是投資台灣最大的國家，因此簽訂台日投資協議對雙方都有利，而如「最惠國待遇」等項目，實際上早已在做，「此次投資協議只是『明文化』而已。」

台日投資協議包括投資促進、投資保障、投資自由化三大部分，投資自由化又包括「國民待遇」、「最惠國待遇」，首度納入自由貿易協定（ＦＴＡ）的內容，是一項具有突破性、實質性的協議；並非只是明文化而已。

台日投資協議可說是「超ＷＴＯ」的，等於已完成ＦＴＡ最困難的貿易自由化協定，這也是因為兩岸關係緩和，日本政府才敢跨出這一步的原因。