近年來，「永續發展」已經成為國際間重要環保議題，並已由口號、共識化為實際行動。「清淨之河川水」與「安全之飲用水」為永續水環境之願景，「流域管理」更是達成「永續水環境」不可缺少的執行機制。依據美國環保署提出來的「流域環境管理」制度內容包含：土地政策、土地保育、溼地保護、土地規畫、水土保持、非點源汙染控制、點源汙染控制及流域夥伴關係建立等八個項目。換言之，整治河川並不是只針對河川水質進行改善，應該加強「汙染減量」及「民眾參與」，另外必須要結合「水、土、林」三方面資源，進行全面性的評估與控管。

台灣地狹人稠且缺乏天然資源，對於水資源需更加謹慎與珍惜，方能使經濟、社會及環境永續經營。推動河川流域整體規畫及管制，以改善河川水質，規畫足量的水作為生態用水，以免自然環境及生物多樣性受到負面衝擊，為推動永續水環境之重要策略。環保署依此原則，於民國九十八年首次建立流域管理河川水汙染整治工作之評鑑制度，訂定「不缺氧、不發臭及水岸活化」河川改善目標，分為五大面向：其一為「水質清淨程度」：包括背景資料、關鍵水質指標、溶氧≧2（mg／L）達成率、危害性汙染物、營養物質削減；其二為「政府行政管理」：包括年度整治計畫與預算經費、點源汙染管制、非點源汙染管制、主管單位投入程度；其三為「水岸環境活化」：包括水岸親水設施、推動生態工程、舉辦相關親水活動、民眾滿意度、發展地方特色；其四為「生態環境保育」：包括推動保育政策、棲息地保育與生物多樣性、河川廊道保護；其五為「民間投入參與」：包括民間團體參與程度、河川巡守隊、河川淨化活動、教育與宣導活動、鼓勵或輔導作為。

為能達成上述「清水、親水、淨水與近水」之願景目標，中央與地方政府應充分溝通、協調及合作，分析現況，選定優先處理議題，訂定確切及適當的整治願景及目標，檢討執行成效並提出「整合式」及「創新式」的策略規畫、具體行動方案及指標標竿，設定主協辦單位，並編列經費；掌握點源及非點源汙染來源，徹底控制點源汙染，強化「非點源」防治工作，並將主要汙染源列為優先防治重點，以提高整治效率；建立水、土、林流域管理制度，並配合環境資料庫建立熱點標竿管理計畫；整合水質與生態資訊，建立汙染減量策略，訂定總量管制基準，建立汙染源減量與水質關係，徹底改善河川水質；加強水中危害性物質，如重金屬、環境荷爾蒙和個人保健藥品（PPCPs）之調查、監測，並追蹤汙染來源。

此外，需利用示範計畫，推廣環境保育，建立訓練課程；結合環境資訊統整合水質改善、生物多樣性的資料連結，建立永續水環境教育基地；結合民間及相關利益團體，形成夥伴關係，宣導河川淨化活動，並鼓勵民間企業認養參與流域管理計畫；建立極端氣候調適計畫，建置綠色基礎建設，推動生態保育（工法）、活絡觀光，建立低碳社區；建置生態效益綜合評量指標（包括生物棲地、生物多樣性、生態廊道、汙染減量、水質改善、滯洪效應、環境景觀、生態遊憩、生態教育、社經效益），進行成本效益分析，提出最佳化流域管理措施。

與流域相關的權責單位很多，包括內政部、環保署、林務局、水土保持局、經濟部水利署、原住民委員會、直轄市政府及縣（市）政府等。近年來，政府大力推動各地縣市政府成立河川汙染整治推動小組，整合各處室的資源，並形成溝通平台；環境資源部成立後，更能統合中央單位相關的資源，使整治工作更有效率，確實改善河川水質、回復生態環境、提高民眾涵養、增加社會資源，期望相關單位能持續努力，真正達到「清水、親水、淨水、近水」之永續水環境。