雲門舞蹈教室的成立，是林懷民認為，雲門做舞蹈，知道身體的自在很重要，可是要讓成年人重新解放身體並不容易，反而由小朋友開始是可嘗試的，於是結合幼教、心理學、音樂及舞蹈幾個層面的專業老師，成立研發小組設計課程。舞蹈教室開始運作前，醞釀一、二年時間才正式開班，慢慢由一個教室發展至今，累積十年已有二十六、七間教室。
雲門教室的教學系統沒有專業課程，就是單純身體律動，課程有許多想像，像是想像自己是水餃在水中被煮的感覺，給個音樂，情境由小朋友發想，帶出彼此間的互動，分享自己的想法，再串連當天想要發展的身體方向和主題。
舞團執行總監葉芠芠指出，成立舞蹈教室，並不是設立雲門專業舞蹈學校的前身，純粹是想讓小朋友從小就藉由韻律認識自己的身體。舞蹈教室課程的族群範圍很廣，甚至包括銀髮族，將太極導引運用到年長人的身體；另外開武術班，比較是針對中學生，因為十至十八歲的青少年，血氣方剛、活力正盛，學武術可讓孩子安靜沉穩，宛如大山一樣。
葉芠芠表示，雲門舞蹈教室的財務完全獨立、自負盈虧，每年要繳權利金給雲門。成立十年開了二十多家，由財務上看並沒有賺錢，因為新開一家舞蹈教室，花在做地板、鏡子的費用很多，目前還看不出有很大的利潤，可是由另一角度檢視，十年來有多少學生接受律動的概念，有多少老師因為開班而進入教學領域，有多少家長因為小孩而開始接觸到身體和健康及許多相關的議題，所以舞蹈教室帶動的能量，無法由財務的損益來衡量，可是達到的影響和效能其實是很大的。