許多人認為，過敏疾病不是大病，卻又對於長期吃藥感到很厭煩，長青連鎖藥局總藥師黃維德指出，的確有不少民眾會來藥局尋求保健食品，益生菌的詢問度近年來更是大增，不過他強調，保健食品畢竟是食品，並不能直接取代藥物的療效，建議民眾仍應先在專業醫師的處方下控制疾病、並且避免接觸過敏原，再將益生菌等保健食品作為輔助用，才不會本末倒置。

黃維德建議，初期不妨使用較高劑量的益生菌，這是為了讓益生菌能快速在體內繁殖，建立菌叢的優勢，幫助促使誘導免疫反應的效果，但同時也要搭配減少其他可能對這些益生菌造成破壞的行為。

比如：避免食用高油脂、辛辣、刺激性等食品，以免造成腸道環境的不穩定；搭配飲用的飲品溫度不可高於四十度C，以免讓益生菌的活性被破壞；降低胃酸對益生菌的影響，一般建議在用餐後胃酸量較低時使用，讓益生菌通過胃部到達腸道時，較不易被胃酸破壞，若要在餐前使用，則建議餐前三十分鐘使用。

台灣乳酸菌協會常務理事、陽明大學生化暨分子生物研究所教授蔡英傑指出，有些人格外需要補充益生菌，比如腸胃道機能不佳導致便祕或拉肚子者、腸道老化的老年人；另外，使用抗生素的人，不論好、壞菌都會被殺死，但體內壞菌的抵抗力較為頑強，導致好菌數量大幅下降，因此也需要補充好菌。

益生菌被視為保健類食品，蔡英傑認為，所有人都可以適度食用，目前唯有對於腸胃道開刀有傷口者，擔心益生菌可能從傷口跑到體內他處，這時可就沒有益處、反而有感染的風險，他表示，因為這方面的相關研究不多，因此臨床上仍抱持較謹慎態度來提醒，預防可能的風險。