如果世界衛生組織（WHO）要求疫苗製造商開始製造預防H1N1新流感的疫苗，恐怕會有風險，因為製造商一次只能大量製造季節性流感疫苗、或大流行流感疫苗其中一種。也就是說，一旦這次新流感沒有大流行，可能導致季節性流感疫苗出現短缺。

目前國際疫苗廠正進行季節性流感疫苗的生產，由於全球每年季節性流感的發病人數約有三百萬，其中死亡病例二十五萬至五十萬，因此，即使WHO宣布疫情警戒等級，從第五級提升到最高級第六級，也不表示疫苗廠必須停產季節性疫苗。

全球約七成疫苗在歐洲製造，WHO正在調查全球還有多少劑季節性流感疫苗的存貨，再決定是否要求疫苗製造商開始製造H1N1新流感疫苗。

WHO疫苗研究計畫主任瑪莉‧基尼說，過去我們從未做過這樣的重大決定。這好比是猜測未來最需要哪一種疫苗，WHO先計算現有的季節性流感疫苗存貨，以避免賭注過大。

她已宣布將設立新流感疫苗委員會，並在十四日召開首次會議，就疫苗是否可開始大量生產進行討論。

疫苗製造商可以製造有限量的季節性流感疫苗和新流感疫苗，但不是同時製造，而且無法大量製造兩種疫苗，將會超出產能。目前除了墨西哥外，其他國家的新流感病例病情多半不嚴重，如果新流感狀況持續如此，許多人可能不需注射疫苗。

至於南半球國家的情況更為複雜，因為南半球才剛進入一般流感季，現在卻又碰到新流感來襲。專家已警示，隨著北半球流感季節進入尾聲，新流感病毒株可能會在北半球自然死亡，但在南半球流感季產生變種，然後以更致命的類型在秋天重返北半球。