一四三一年，真臘國都吳哥為暹羅（泰國）所破，遷都金邊，高棉人於次年棄吳哥而去，從此森林逐漸湮沒吳哥。一五八六年，旅行家、方濟各會修士安東尼奧達馬格達連那（Antonio da Magdalena）遊歷吳哥，並向葡萄牙歷史學家蒂歐格都科托報告其遊歷吳哥的見聞：「城為方形，有四門有護城河環繞……建築之獨特無以倫比，其超絕非凡，筆墨難以形容」；一八五七年，法國傳教士夏爾艾米爾布意孚神父（Charles Emile Bouillevaux）著《印度支那旅行記，安南與柬埔寨》，報告吳哥狀況，但都未引人注意。直到一八六一年一月，法國生物學家亨利穆奧（Henri Mouhot）為尋找熱帶植物而進入這一片森林，無意間發現古廟遺跡，他憑藉中國元朝周達觀所著《真臘風土記》，往密林深處走去，真所謂披荊斬棘，就在無意間聽見砍刀碰撞堅硬物體發出的撼人巨響的剎那，他們撥扯下糾結如網的樹根與藤蔓之後，發現一塊巨石，竟然發現巨石上刻有文字；再往前走，赫然發現隱沒已久的「吳哥文明」，興奮、感動之餘，寫下《暹羅柬埔寨寮國諸王國旅行記》一書，他說：「此地廟宇之宏偉，遠勝古希臘、羅馬遺留給我們的，走出森森吳哥廟宇，重返人間，剎那間猶如從燦爛的文明墮入蠻荒。」驚人之語，引起世人對吳哥刮目相看。一八八六年，法國攝影師艾米爾基瑟爾（Emile Gsell）首次拍攝吳哥窟，讓世人一睹其雄偉風采。

一九○七年暹羅將暹粒、馬德望等省份歸還柬埔寨。法國遠東學院於次年展開為期數十年的吳哥古跡修復工程。

吳哥窟擁有一九○公尺寬的護城河，如一道屏障阻擋森林的圍困，因此在吳哥古跡中保存最為完整。但是，有些叢生的雜樹，樹根竄入部分建築物的紅壤磚縫隙，甚至推落紅壤磚，使建築物坍塌。所以修復工程包括幾個方面的工作：清除雜草、樹林、積土、白蟻，穩定地基，支撐搖搖欲墜的建築物，終於在一九一一年完成了吳哥窟的清理工程。