爭議1：影響捷運板南線安全

▲大眾捷運法規定設施兩側禁限建，距離必須超過50公尺，但大巨蛋預定往下挖22.6公尺，距離捷運板南線為12.7公尺。大巨蛋工程影響捷運安全的陰影一直揮之不去。

爭議2：粗暴移植老樹、毀損古蹟

▲由於大巨蛋完工會增加周邊交通流量，北市府決定拓寬道路，但施工期間造成百株樹木死亡，引發護樹團體抗議。巨蛋施工也造成松山菸廠大煙囪傾斜達警戒值。

爭議3：從體育園區變為商業園區

▲原始設計以巨蛋為核心建大型運動場所，但後來藉由規劃周邊旅館、商業大樓與影城以商業促進發展，引發消防避難的疑慮。

爭議4：大巨蛋不符國際賽場標準

▲大巨蛋體育館與國際標準不符，恐影響日後申辦國際比賽資格。