「生質柴油」是將動植物油脂或廢食用油（三酸甘油脂），經交酯化反應、中和、水洗以及蒸餾等過程所生成，具有生物可分解和無毒等特性，由於其燃燒特性與石化柴油相近，因此可與石化柴油任意比例調配使用，降低石化柴油所排放的廢氣污染。

生質柴油的生產速度快，以位在嘉義縣民雄工業區的台灣第一座生質柴油示範廠為例，每批四噸的廢食用油，只需八小時就可以製造四公秉生質柴油。

與石化柴油比較，在污染廢氣減量上，使用B100純生質柴油，總碳氫化合物可減量百分之八十至九十、一氧化碳可減量百分之三十至四十、懸浮微粒可減量百分之三十至五十。B20比一般柴油可減少排放總碳氫化合物百分之三十，一氧化碳減少百分之二十，懸浮微粒減少百分之十五。

目前最先驅的生質柴油研究是利用藻類（特別是微藻）來產製油脂質。以藻類生產生質能，可以有效解決需要大片能源作物耕地的問題，也有大幅減低生質柴油成本的潛力。

除了利用藻類以外，美國計畫以密閉循環方式利用酵母菌、黴菌、真菌與細菌等微生物產油，這計畫可以完全在實驗室中進行，不需耗費土地或水資源，也不需顧慮這些基改微生物在自然環境中對生態的影響。

不過，部分學者認為，台灣並不適宜大規模種植油料作物提供生質柴油使用，因為台灣不如中南美洲等國大規模種植黃豆、玉米以降低生產費用。

學者指出，台灣寸土寸金，且利用現代化農機具、化學肥料的生產過程，都需要消耗大量的能源，成本根本不符所需，不僅無助於二氧化碳減排，反而間接助長溫室效應。他們建議製造生質柴油以回收廢食用油為主，如此才符合環保和資源利用的觀點。