陳總統在提出國務機要費案說明時，以刑法學理上的「義務相衝突」，為自己與夫人辯解，陳總統認為他在「國家外交利益」與「個人違法風險」之間，選擇一切都是為國家最高利益著想，所以不得已才以私人發票申報、請領國務機要費，此乃「義務相衝突」，卻被陳瑞仁檢察官認定為犯罪，實在「很冤枉」。

「義務相衝突」是刑法在論罪「三階論」中，探討第二階「違法性」時的一種「超法規阻卻違法事由」，也就是不屬刑法所明文規定，卻被公認可以視為阻卻違法的原因。

舉個例子，某甲母親和妻子同時溺水，情況只能容許搭救一人，另外一人勢必無法及時救起而喪命，所以「義務相衝突」適用的前提，是當事人選擇保全的義務，位階必須明顯高於或至少等價於所忍痛犧牲的另一個義務。

衡量陳總統所說的秘密外交工作，國安會或外交部都有編列預算，根本無須勞煩總統動用人脈資源，並蒐集發票支應；況且，國務機要費被認定為總統的「首長特支費」，使用的對象並不包括外交工作。

因此，陳總統把秘密外交和個人違法，解釋為兩個不等價的義務，他在「天人交戰」下，不得已才選擇了前者，但就法律觀點來說，這兩件事根本「風馬牛不相及」，因為法律講究的是犯罪證據的嚴謹認定，而不是單憑被告一廂情願所指稱的義務衝突。

陳瑞仁檢察官已答允在國務機要費開庭時「全程蒞庭」，和可能暫時先以證人身分出庭的陳總統展開攻防，大家拭目以待，到底法官是讓證據說話，還是相信陳總統的「義務相衝突」？