「人工濕地的打造並非一體適用，而是要因地制宜，才能避免生態池成了蚊子池。」邱仁杰表示，每個水域都有其獨特的水文與水質，因此打造人工濕地時也必須依照當地水質來量身規畫，考慮該地區的水利負荷量、水力停滯時間、平均水深、入滲率、飽和孔隙流通量等因素，才能發揮最佳功能、避免收到反效果。

而水生植物的植栽數量也不是種愈多就愈有效，過度種植反而會適得其反，導致大量植物攔截泥沙而造成沉積現象，甚至形成厭氧生態。台灣由於緯度地處亞熱帶，平均溫度較高，因此植物生長速度也很快，一般來說，水生植物的面積大約佔人工溼地的百分之五就可以發揮效果，太多或太少都是過猶不及。

此外，水域鹽度與水患疑慮也是影響水生植物種類的重要考量。邱仁杰表示，當該地水域鹽度高於2250μs/cm時，就須將鹽害問題也一併納進考量，種植較可以耐鹽害的水生植物像是蘆葦等植栽來因地制宜。

邱仁杰說，生物有其多樣性，而每樣植物也都有適合生長的特性，像是許多人常見的水生植物「香蒲」，就大多生長在五十公分以下的水域、具有生命力強韌的特性。而另一種水生植物「莞草」則喜歡生長於淺水域的粗泥裡，其種子常吸引水鳥等生物前來覓食，是人工溼地水質淨化與否的指標之一。