翁啟惠希望以後中研院的主管，只根據學術專業，針對事情提出建言；「院長不能親什麼黨、親什麼人」，太多事情泛政治化，對台灣是一種不幸。

翁啟惠指出，中研院的主管握有一定的權力，講話又代表中研院，他上任後，會請主管對外發表意見時，立場要超然：「會鼓勵中研院主管，儘量根據自己學術專業，積極對社會事務發表建言，可是一定要就事論事。」

至於不兼行政職的研究人員，翁啟惠認為，他們有言論自由，但同時要對自己公開發表的意見負責，且不能因此影響自己的學術研究，畢竟這是他們在中研院的正職；不過他還是希望研究人員能用自己的專業主動服務社會。

翁啟惠強調，學術界人士若離開專業，就不會受社會尊重，所以若有某黨提出某項政治政策時，他就不適合發言，但中研院有相關領域專家可以表達意見；若專業人士已從專業角度、就事論事發表意見，仍被解讀為有特定政治傾向，就對專業人士不公平。

「我不是李遠哲，每天時間有限，要先把重要事情把握住，李遠哲每天都工作到一、兩點，他是超人，我沒這種體力。」他說：「未來會用生物科技的學術專業，積極服務社會，但不懂的事就不會去參與，因為這樣比較健康。」比較中研院近三任院長，吳大猷較強調院內學術研究，李遠哲則參與許多院外政治事務及社會服務工作，翁啟惠顯然要走第三條不同的路。
 
「自己只會針對事情，以超然態度，從學術專業角度提出建言，因為一旦有偏，就很難讓別人信服。」翁啟惠認為，中研院現在最重要的，是加強人才培育工作，中研院會和十二所獲得五年五百億元補助的大學合作，送學生或助理、博士後研究員出國留學或進修；另外也會加強和國內大學合作開設的博士班學程，並提升國際研究生院的規模和品質。
 
對於吸引國際人才，翁啟惠最擔心的是待遇和環境適應問題，他說國內研究人員待遇偏低，雖然中研院已有很好研究設備和人才，但因宿舍不夠，海外學人回來住了三、四年，就要到外面租房子，家庭多少會受影響，這都是中研院還要設法改善的。

「將來另一個重要工作，是修法讓研究人員和公立大學教授，不再比照公務人員規範和待遇，讓研、教者的任用具有更大彈性。」他指出。
 
在美國的研究團隊會慢慢解散，但需要一段過渡時間，因為已經指導學生，也已向美國政府爭取到龐大研究經費，一下子離開未免不負責，但他說：「過渡期愈快愈好」。